Perämoottorin ohjausta tarkkaillessasi useimmat ihmiset ovat kiinnostuneita siitä, että moottori näyttää kääntyvän vastakkaiseen suuntaan kuin kuljettaja haluaa. Syy tähän on yksinkertainen. Kun käytät perämoottoria veneen kääntämiseen, moottori pyörii tavalla, joka mahdollistaa veneen perä- tai takaosan työntämisen ympäri osoittaakseen veneen keulan tai etuosan haluttuun suuntaan. Tässä suhteessa perämoottori toimii paljon kuin tavallinen haarukkatrukki, joka ohjaa takarenkaitaan. Tämä ei ole tyypillinen huolenaihe käytettäessä ohjauspyörää veneen hallintaan; kuitenkin, kun ohjaussauvaa käytetään perämoottorin ohjaamiseen, se voi joskus olla hämmentävää.
Useimmat vesikulkuneuvot on asennettu siten, että ohjaaja tai kuljettaja voi yksinkertaisesti ajaa venettä samalla tavalla kuin hän ajaisi autoa. Käyttämällä hihnapyörä- ja vaijerijärjestelmää tai hydraulisesti toimivaa mäntää perämoottoria ohjataan yksinkertaisesti kääntämällä ohjauspyörää aiotun ajosuunnan mukaisesti. Koska vene luistaa veden läpi, useimpiin käännöksiin liittyy hieman epäröintiä, eivätkä ne ole yhtä äkillisiä kuin auton kääntyminen. Kun vene liukuu veden läpi, käännökset ovat enemmän hallittua liukumäkeä, vaikka useimmat perämoottorin ohjausjärjestelmät tarjoavat suhteellisen nopean ohjauksen ja nopean reaktion.
Ohjausohjatun perämoottorin perämoottorin ohjausmenettelyt ovat usein hämmentäviä aloittelijoille. Ohjausohjattavassa perämoottorissa kaasuvipu on asennettu pitkälle kahvalle tai perämoottorin etuosasta ulkonevalle ohjauskahvalle. Kuljettaja istuu veneen takaosassa ja ohjaa nopeutta kiertämällä kaasua. Vene kääntyy vetämällä tai työntämällä ohjauskahvaa kuljettajaa kohti tai poispäin. Tämä toiminto saa perämoottorin kääntymään kiinnikkeessään, jolloin vene kääntyy. Ohjaussauvan liikutussuunta veneen kääntämiseksi on usein hämmentävä kohta.
Tällä tavalla perämoottorin ohjauksessa kuljettajan, joka haluaa kääntää veneen oikealle, on työnnettävä tai vedettävä ohjaussauvaa veneen vasemmalle puolelle. Tämä riippuu tietysti siitä, kummalla puolella venettä kuljettaja istuu. Jos haluat siirtyä vasemmalle, ohjaussauvaa siirretään oikealle. Tämä perämoottorin ohjaustyyli on helppo oppia ja siitä tulee nopeasti toinen luonne useimmille veneilijöille.