Päällekkäiset tiedostot voidaan poistaa kahdella tavalla: manuaalisesti ja automaattisesti. Päällekkäisten tiedostojen poistaminen käsin edellyttää tiedostojen etsimistä ja poistamista yksitellen. Automaattinen poisto suoritetaan päällekkäisellä tiedostojen etsintäohjelmalla, jota useimmissa käyttöjärjestelmissä ei ole esiasennettu. Joskus sen sijaan, että kaikki kaksoiskappaleet poistettaisiin automaattisesti, päällekkäisten tiedostojen etsijöiden avulla käyttäjä voi valita poistettavat tiedostot, jolloin prosessi on sekä automaattinen että manuaalinen. Monet tiedostojen kaksoiskappaleet ovat mainoksia tukevia mainosohjelmia, mikä tarkoittaa, että ohjelman asentaminen voi aiheuttaa ei-toivottuja ponnahdusikkunoita tai toistuvia pyyntöjä ostaa ohjelma kokonaan.
Jos poistettavia tiedostoja on vähän, päällekkäisten tiedostojen poistaminen manuaalisesti ei todennäköisesti kestä kauan. Kun käytät Microsoft® -käyttöjärjestelmää, poista tiedosto tilapäisesti vetämällä se roskakoriin. Jos olet varma, että tiedosto on kopio, joka on poistettava, poista sen sisältö pysyvästi valitsemalla Tiedosto -kohdan Tyhjennä roskakori -vaihtoehto. Mac OS® -tietokonetta käytettäessä prosessi on samanlainen, mutta roskakorikuvakkeen sijaan on roskakorikuvake. Riippumatta siitä, mitä käyttöjärjestelmää käytetään, väliaikaisesti poistettu tiedosto voidaan yleensä palauttaa, jos roskaa tai roskakoria ei tyhjennetty.
Jos haluat poistaa päällekkäiset tiedostot automaattisesti, lataa ja asenna hyvämaineinen päällekkäisten tiedostojen etsin. Näitä ohjelmia on saatavilla lukuisia erityisesti Windows® -käyttöjärjestelmille. Ohjelman suorittaminen skannaa tietokoneesi päällekkäisten tiedostojen varalta. Ohjelman monimutkaisuudesta riippuen se pyytää sinua poistamaan kaikki kaksoiskappaleet tai antamaan sinun valita, mitkä haluat säilyttää, ennen kuin poistat loput. Tämä on nopein tapa löytää ja poistaa paljon kaksoiskappaleita, mutta on joitain haittoja; Ohjelma voi esimerkiksi olla mainoksia tukeva ohjelmisto, tai se on ostettava ennen kopioiden poistamista.
Kun etsit tiedostojen etsintää, joka poistaa päällekkäiset tiedostot, harkitse sellaisen tarkistamista, joka on hyvin tarkastettu, varsinkin jos olet päättänyt ostaa sellaisen. Varmista myös, että ohjelma on yhteensopiva käyttämäsi käyttöjärjestelmän kanssa, ennen kuin lataat sen. Jos olet päättänyt ostaa kaksoiskappalehaun, kokeile sitä ennen ostamista, jotta et jää jumiin ohjelmaan, josta et löydä apua. Vaikka joillakin ohjelmilla on 14–30 päivän rahat takaisin -takuu, kaikki eivät tee sitä, eivätkä ne ole lain mukaan velvoitettuja siihen. Voit myös tulostaa kuitin, jos ohjelma on ladattava myöhemmin uudelleen.