Vaikka tiedoston laittaminen roskakoriin ja sen poistaminen voi olla hyvä tapa päästä eroon tiedostosta, totuus on, että tiedosto on edelleen olemassa. Ajatus siitä, että tiedosto on kokonaan poissa, on yleinen väärinkäsitys, mutta taitavammat tietokoneen käyttäjät ovat tietoisia siitä, että tiedoston poistaminen ei todellakaan tee mitään sellaista. Se yksinkertaisesti piilottaa tiedoston tietokoneelta. Niille, jotka pitävät tätä hämmentävänä, on olemassa useita tapoja poistaa poistetut tiedostot perusteellisemmin.
Yksi helpoimmista tavoista poistaa poistetut tiedostot on alustaa kiintolevy. Yleensä tämä pyyhkii järjestelmän täysin puhtaaksi, ja edes ohjelmat, joita yleensä käytetään poistettujen tiedostojen palauttamisessa, eivät löydä niitä. Tämä on yksi rajuimmista tavoista päästä eroon tiedostoista, mutta se yleensä toimii.
Toinen tapa poistaa poistetut tiedostot on käyttää tietojen pyyhintäohjelmaa. Datan pyyhekumia on kahdenlaisia. Joitakin käytetään yksittäisiin tiedostoihin. Toisia käytetään koko kiintolevylle. Valittu vaihtoehto on yleensä käyttäjän päätettävissä, mutta kaikki ohjelmistotuotteet eivät tee molempia. Käyttäjien tulisi ymmärtää, mikä ero on ohjelmistotuotteilla ennen ostamista. Muussa tapauksessa kuluttajalla on suuri mahdollisuus pettyä tuotteeseen.
Ohjelmisto, joka pyyhkii kaikki tiedot, on hyvin samanlainen kuin kiintolevyn alustaminen. Tämä poistaa poistetut tiedostot ja kaikki muut tietokoneen tiedostot kokonaan. Tätä vaihtoehtoa käyttävien tulisi olla erittäin tietoisia tästä ja varmistaa, että kaikista tärkeistä tiedostoista on varmuuskopiot. Tämä on ainoa tapa palauttaa kaikki haluamasi ohjelmiston jälkeen.
Muita poistettujen tiedostojen poistamiseen käytettäviä ohjelmistoja voidaan käyttää vain yksittäisiin tiedostoihin. Tämä on todennäköisesti tilanne, jota useimmat tietokoneen käyttäjät pitävät parempana. Tämä säilyttää kaikki muut tiedostot koneella ja säästää aikaa vievältä prosessilta, jonka jälkeen kaikki halutut ohjelmistotuotteet asennetaan uudelleen tietokoneeseen. Tämän tyyppistä ohjelmistoa kutsutaan joskus datan silppuriksi, ja se kirjoittaa pohjimmiltaan tiedoston päälle useita kertoja satunnaisilla tiedoilla. Mitä useammin tiedosto korvataan, sitä vaikeampaa on noutaa alkuperäiset tiedot.
Niille, jotka ovat erityisen huolissaan arkaluonteisista tiedoista, on huomattava, että todellakaan ei ole mitään keinoa taata mitään menetelmää, jota käytetään poistettujen tiedostojen poistamiseen. Aina voi olla mahdollista, että jotkut tiedot jäävät kiintolevylle palautettavassa muodossa, varsinkin kun tekniikka muuttuu aina yhtälön molemmin puolin. Kiintolevyn fyysisen tuhoamisen ja uuden laitteiston asentamisen lisäksi jotain voitaisiin vielä palauttaa, jos tehtävään käytetään tarpeeksi vaivaa ja aikaa. Useimmissa tapauksissa tietojen murskaamisohjelmat kuitenkin tekevät riittävän työn päästäkseen eroon ei -toivotuista tiedostoista, ellei sitä etsivä henkilö ole erittäin hyvin koulutettu.