Sekkien käsittelyn toimimiseksi suoritetaan yleensä useita erillisiä tapahtumia. Ensimmäinen vaihe prosessissa tulee, kun sekkitilillä oleva henkilö tai yhteisö on hyväksynyt shekin. Sekkitiliä hoitava pankki vahvistaa tyypillisesti sekin pankin reititysnumeron, shekkitilin numeron ja henkilön tai yhteisön toimittaman sekin summan. Sekin vahvistuksen jälkeen maksujen käsittelyyritys välittää varat kauppiaan yritystilille. Vaikka joillakin kauppiailla on omat shekkien käsittelyjärjestelmät, jotkut päättävät käyttää kolmannen osapuolen järjestelmää helpottaakseen tapahtumaa alusta loppuun.
Yleensä henkilö tai yhteisö suorittaa maksun jollakin kolmesta tavasta sekillä. Kun tapahtuma suoritetaan henkilökohtaisesti, asiakas käyttää paperisekkiä, jonka myymälämyyjä käsittelee paikan päällä. Joissakin tilanteissa asiakkaat haluavat lähettää shekkimaksut postitse, ja tapahtumaprosessi toimii samalla tavalla kuin maksu vastaanotettaisiin henkilökohtaisesti. Toinen tapa maksaa tapahtumasta sekillä on online -tapahtuma, jossa ostosumma laskutetaan tililtä reitityksen ja tarkistustilinumeroiden perusteella.
Prosessi on käytännössä sama riippumatta siitä, maksetaanko shekillä henkilökohtaisesti, postitse vai verkossa. Pankin reititysnumero, shekkitilin numero ja ostoksen määrä kulkevat sähköisen järjestelmän kautta. Maksutapahtuma kirjataan yleensä asiakkaan tiliotteeseen, jossa on sekin numero tai tunnistuskoodi, joka osoittaa, että sähköinen sekki maksu on käsitelty.
Sekkien käsittely kestää aikaa, joka voi vaihdella muuttujien, kuten kauppiaan, pankkilaitoksen ja käsittelytapahtuman kehittyneisyyden mukaan. Sekin käsittelytapahtuma suoritetaan tyypillisesti asiakkaan tilillä yhden tai kolmen päivän kuluessa. Tämä prosessi voi kuitenkin kestää kauemmin kauppiaan ja kolmannen osapuolen järjestelmän välillä.
Tarkistusten käsittelymenettely riippuu yleensä sekien käsittelyjärjestelmän hienostuneisuudesta. Joskus maksusumma käsitellään välittömästi. Muissa tapauksissa käsittelyyritys voi pidättää varoja, kunnes maksutapahtuma on suoritettu. Muissa järjestelmissä, jotka eivät käsittele tapahtumaa heti tai pidätä varoja, prosessi voi kestää jopa kolme päivää.
Pankki voi joko hyväksyä tai kieltää maksun. Tämä voi riippua pankin ja asiakkaan välisistä rahoitussopimuksista. Jos asiakkaalla ja pankilla ei ole maksujärjestelyä, varojen riittämättömyys voi johtaa veloitukseen kauppiaalta. Yleensä maksujen käsittelyyritys veloittaa kauppiaalta maksun palautetusta tuotteesta.
Joillakin asiakkailla voi olla tililuototurva, joka valtuuttaa pankin hyväksymään maksun, vaikka tilillä ei ole riittävästi varoja. Yleensä varojen siirto erilliseltä tililtä summan kattamiseksi sekä lisäkäsittelymaksut. Tarkistusten käsittelymenetelmä ei tyypillisesti muutu kolmannen osapuolen järjestelmän näkökulmasta.