Avoimen lähdekoodin hakukoneen valitseminen verkkosivustolle voi olla vaikeaa osittain siksi, että – ulkopuolelta – kaikki näyttävät osuvia tuloksia hakutermin perusteella, joten ne näyttävät samanlaisilta. Lisäindeksi, joka voi indeksoida uusia luetteloita dynaamisesti, estää järjestelmänvalvojia luomasta koko indeksin uudelleen. Pysäytyssanat, erityisesti suurille verkkosivustoille, ovat tehokkaita työkaluja avoimen lähdekoodin hakukoneelle, koska niiden avulla käyttäjät voivat rajoittaa tuloksia. Epäselvä hakutoiminto tarkoittaa, että hakukone pystyy löytämään samanlaisia tuloksia avainsanan perusteella, vaikka tulokset eivät täsmälleen vastaa avainsanaa. Sijoitusjärjestelmät määrittävät, miten kukin listaus näytetään, ja niiden pitäisi heijastaa sitä, miten pääsivusto toimii.
Kun käytetään avoimen lähdekoodin hakukonetta, hakemisto ladataan kaikkiin eri luetteloihin ja verkkosivustoihin, joita voidaan etsiä hakukoneen kautta. Vaikka tämä luettelo on yleensä pitkä, se tavallisesti pitenee verkkosivua käytettäessä. Kun hakemiston täytyy kasvaa, yleensä järjestelmänvalvojan on luotava koko indeksi uudelleen ja lisättävä kaikki uudet verkkosivustot ja luettelot. tämä vie aikaa ja paljon resursseja. Inkrementaalisen indeksin avulla uudet listat lisätään dynaamisesti, eikä koko indeksin luomiseen ole mitään syytä; järjestelmänvalvojan on vain lisättävä uudet tiedot.
Jos joku kirjoittaa hakutermin avoimen lähdekoodin hakukoneeseen, hän saa yleensä osuvia tuloksia. Näin ei aina ole, ja tuloksilla voi olla taipumus saada epäolennaista tietoa. Jos käyttäjä esimerkiksi hakee merirosvoja, hän saattaa löytää vain merirosvoelokuvia koskevia verkkosivustoja eikä merirosvoja koskevia historiallisia tietoja. Pysäytyssanan avulla käyttäjä voi sijoittaa sanan eteen “-” -merkin, joka käskee hakukoneen estämään kyseistä avainsanaa sisältävät tulokset.
Sumuinen hakutoiminto kuulostaa pahalta, mutta se on hyödyllinen työkalu, jota monet avoimen lähdekoodin hakukoneohjelmat käyttävät. Ilman tätä hakukone voi etsiä vain verkkosivustoja ja yritystietoja, jotka heijastavat suoraan avainsanaa. Epäselvä haku tuo avainsanan kaltaisia tuloksia, joten käyttäjä saa laajemmat tulokset.
Avoimen lähdekoodin hakukoneiden sijoitusjärjestelmä on tapa, jolla hakukone määrittää osuvuuden. Jotkut hakukoneet perustavat osuvuuden avainsanan käyttökertojen määrään luettelon tai verkkosivuston luomisen yhteydessä, yhdelle verkkosivustolle osoittavien linkkien lukumäärälle tai muille mielivaltaisille arvoille. Järjestelmänvalvojan tulee valita hakukone, joka kuvastaa itse verkkosivuston toimintaa. Jos esimerkiksi pääsivusto antaa käyttäjille mahdollisuuden julkaista tietoja, päivämäärään perustuva hakukone toimii yleensä parhaiten.