Avoimen lähdekoodin sovelluspalvelin on suunniteltu toimimaan isännöityjen sovellusten kanssa, ja oikean sovelluspalvelimen valitseminen voi auttaa yritystä ja sen läsnäoloa verkossa. Avoimen lähdekoodin sovelluspalvelin on tarkoitettu sovelluksen isännöintiin, joten sen on yleensä tunnettava yleiset ohjelmointikielet, jotta sovellus toimii oikein. Kun sovelluspalvelin käyttää tietokantaa, tarpeettomat tiedot voivat hidastaa prosesseja, ja redundanssin tarkistus voi auttaa optimoimaan ohjelman. Monet hakkerit yrittävät päästä järjestelmän läpi sovelluspalvelimen kautta, joten tehokas suojaus vaaditaan yleensä. Vaikka avoimen lähdekoodin sovelluspalvelin voi olla yhtä hyvä kuin vakiintuneen yrityksen rakentama, myös laatuongelmia voi olla.
Kun sovellusta isännöidään avoimen lähdekoodin sovelluspalvelimella, palvelimen on yleensä ymmärrettävä sovelluksen rakentamiseen käytetty kieli. Jos palvelinkäyttäjä ei esimerkiksi tunne ohjelmointikieltä, jotkin ominaisuudet saattavat puuttua, sovellus saattaa kaatua käytön aikana tai se ei koskaan käynnisty. Joidenkin sovelluspalvelimien avulla käyttäjät voivat lisätä uusia ohjelmointikieliä latausten kautta, mutta tämä on harvinaista, joten käyttäjien tulisi valita sovelluspalvelimet, joilla on yleisimmin käytetty kieli.
Sovelluksen käytön aikana on tavallista, että palvelin käyttää tietokantaa joko vetämällä tietoja tai tallentamalla ne. Jos avoimen lähdekoodin sovelluspalvelimessa ei ole redundanssin tarkistustoimintoa, tämä voi hidastaa toimintaa. Jos esimerkiksi tietokantaan lisätään tietoja, jotka ovat samat kuin aiemmin tallennetut tiedot, tämä voi lisätä ylimääräistä painoa tietokantaan, jota ei tarvita. Sen lisäksi, että se vaikuttaa tietokannan nopeuteen, se voi vaikuttaa myös sovellukseen.
Yleensä käyttäjille annetaan pääsy avoimen lähdekoodin sovelluspalvelimelle, joten tämä helpottaa hakkereiden pääsyä järjestelmän läpi. Tämä tarkoittaa, että sovelluspalvelimen hankkiminen jollakin suojauksella on tyypillisesti tarpeen. Useimmilla sovelluspalvelimilla on perusturvatyökalut, mutta kehittyneet työkalut voivat olla parempia, jotta hakkerit eivät murtautuisi palvelimen läpi.
Avoimen lähdekoodin ohjelmassa avoimen lähdekoodin sovelluspalvelimessa voi olla ohjelmointivirheitä, joita useimmilla suljetun lähdekoodin ohjelmilla ei ole. Tämä johtuu siitä, että ihmiset, jotka ovat kiinnostuneita sovelluspalvelimen luomisesta – eivät yritys, joka haluaa myydä palvelinohjelman yleisölle – rakentavat useimmat avoimen lähdekoodin ohjelmat. Käyttäjien tulisi leikkiä palvelimen kanssa ja tarkistaa virheet, ennen kuin he valitsevat sovelluspalvelinohjelman, johon jäävät.