Digitaalinen mikroskooppi on yksi kahdesta mallista: joko se on sarja, jossa on kaksi olennaista komponenttia, toinen optinen mikroskooppi, ja toinen videokamera tai digitaalikamera, jossa on latauskytketty laite (CCD). Tai se on integroitu yksikkö, joka yhdistää mikroskoopin ja kameran. Kummassakin tapauksessa laitteen avulla voidaan lähettää mikroskoopin kautta näkymä digitaalisena kuvana. Se, mikä on sinulle paras, riippuu osittain siitä, onko sinulla jo mikroskooppi, jonka haluat muuntaa digitaaliseksi mikroskoopiksi, ja osittain siitä käyttötarkoituksesta tai käyttöalueesta, johon haluat käyttää työkalua.
Digitaalinen mikroskooppi on hyödyllinen moniin tarkoituksiin. Ensinnäkin näkymän kaappaaminen mahdollistaa kuvien tallentamisen tallennusta ja lähetystä varten. Kuva voidaan tallentaa, jakaa asiakirjoihin tai lähettää Internetin kautta. Toiseksi, projisoitu näkymä voi säästää tutkijaa taipumasta mikroskoopin päälle pitkäksi aikaa. Kolmanneksi, suurempi projisoitu kuva voi tehdä joitain asioita näkyväksi, jotka eivät olleet niin ilmeisiä mikroskoopin läpi. Neljänneksi näkymän projisointi helpottaa näkemyksen jakamista useiden muiden ihmisten kanssa samanaikaisesti.
Jotkut monokulaariset optiset mikroskoopit on suunniteltu siten, että digitaalinen tai videokamera mahtuu yhden okulaarin päälle, ja jotkut kolmikulaariset mikroskoopit on tehty siten, että kumman tahansa tyypin kamera kiinnittyy erityisesti tätä tarkoitusta varten suunniteltuun kolmanteen okulaariin. Joidenkin digitaalisten mikroskooppien mukana toimitetaan osat, kun ne ostetaan ensimmäisen kerran, kun taas toiset valmistetaan lisäämällä kamera ja tarvittaessa liitin, joka pitää sitä myöhemmin. Näiden lisälaitteiden avulla tuloksena olisi digitaalinen mikroskooppi.
Integroitu digitaalinen mikroskooppi eroaa rakenteeltaan optisesta mikroskoopista siinä, että siinä ei ole okulaaria. Sen sijaan, että se olisi okulaarin suurennoksen ja objektiivin tulos, se riippuu monitorin suurennetusta replikaatiosta, joten näytön koko on avainasemassa. Lisäksi optisen mikroskoopin linssit on suunniteltu ihmissilmälle, ei kameralle. Tämän vuoksi digitaalimikroskoopilla, joka on tehty liittämällä digitaalikamera optiseen mikroskoopiin, voi olla huonompi kuva kuin integroidulla digitaalisella mikroskoopilla luodulla.
Joissakin kehittyneimmistä digitaalisista mikroskoopeista on integroitu kamera-mikroskooppi, ja ne myydään näytön kanssa. Tällaisia malleja on esimerkiksi rakentanut Hirox, Tokion yritys – joka on nyt kansainvälinen -, joka rakensi ensimmäisen digitaalisen mikroskoopin vuonna 1986. USB -porttien ja Firewiren keksiminen mahdollisti digitaalisen mikroskoopin luomisen, joka liitetään suoraan tietokoneeseen, Tämä on synnyttänyt paitsi halvempia malleja myös lapsille tehtyjä lelumalleja. Erityisesti lasten malleissa voi olla ohjelmisto, jolla on sovellus kuvien kanssa tekemiseen, kuten postikorttien tai julisteiden tekemiseen.