Paras HEPA (High Efficiency Particulate Air) -suodatin kotiuunissa poistaa allergeenit tasolla, joka on välttämätön ihmisten pitämiseksi mukavana. HEPA -uunisuodattimen on kyettävä poistamaan 99.97% kaikista hiukkasista, joiden koko on vähintään 0.3 mikronia, jotta ne voidaan merkitä sellaisiksi. Uunisuodattimen suorituskyky arvioidaan MERV (Minimum Efficiency Reporting Value) -asteikolla. Suodattimet, joilla on pieni määrä, suodattavat vain suurimmat lika- ja pölypalat uunijärjestelmän suojaamiseksi. Suuret suodattimet, mukaan lukien HEPA -suodattimet, poistavat pienemmät hiukkaset ja enemmän allergeeneja ilmanlaadun parantamiseksi.
Jotkut ihmiset, joilla on vakavia allergia- ja hengitysvaikeuksia, tarvitsevat tehokkaimmat saatavilla olevat suodattimet, kun taas toiset ovat tyytyväisiä suodattimiin, joilla on alhainen MERV -luokitus. Niiden, jotka tarvitsevat parempaa suodatusta, tulisi etsiä suodattimia, joiden nopeus on 12-16 MERV -asteikolla. Suodattimia ostettaessa on kuitenkin otettava huomioon tärkeä ero. Tavallinen uunisuodatin, jonka paksuus on 1 tuuma (2.54 cm), ei tyypillisesti ole oikea HEPA -uunisuodatin. Sen sijaan se on HEPA-tyyppinen suodatin, joka ei vedä ulos niin paljon hiukkasia.
Useimmat allergiatietoiset uunisuodattimien tuotemerkit, jotka kutsuvat itseään HEPA-tyyppisiksi suodattimiksi, on rakennettu samalla tavalla kuin todellinen HEPA-uunisuodatin, mutta ne eivät ole yhtä tiheitä tai tehokkaita. He eivät pysty sieppaamaan pienimpiä hiukkasia. Ne voivat olla vain 85% tehokkaita, kun hiukkaskoko putoaa alle 1 mikronin. Todellinen HEPA -uunisuodatin on tyypillisesti liian tiheä toimimaan useimmissa tavallisissa kotiuuneissa ja voi itse asiassa aiheuttaa uunin rikkoutumisen.
HEPA -uunisuodatin on niin tiheä, että uunin on työskenneltävä lujemmin ilman vetämiseksi materiaalin läpi. Joillakin uunijärjestelmillä ei ole tarpeeksi tehoa siihen. Vanhemmilla uuneilla voi olla erityisen vaikeaa aikaa. Jos asennetaan erittäin korkea MERV-luokiteltu suodatin tai oikea HEPA-suodatin, on tarkistettava tuuletusaukoista tuleva ilma. Jos ilma ei virtaa niin paljon kuin ennen uutta suodatinta, suodatin voi olla liian tiheä ja tehokas kyseiselle uunijärjestelmälle.
Vaihtoehtona voi olla ilmanpuhdistimen ostaminen aidolla HEPA -suodatuksella. Toinen vaihtoehto niille, jotka tarvitsevat hyvin suodatettua ilmaa terveydellisistä syistä, on asentaa koko talon erityinen suodatin ilman paluu- ja uunin väliin. Näitä kutsutaan usein suodatusmateriaalijärjestelmiksi. He käyttävät suodatinta, jonka paksuus voi olla 3 – 5 tuumaa (noin 7.6 – 12.7 cm). Niissä on myös yleensä sisäänrakennettu järjestelmä, joka auttaa kuljettamaan ilmaa niiden läpi ja poistamaan taakan uunista.