Parhaan hypnoosiohjelmiston valitseminen on pitkälti henkilökohtainen päätös, koska eri ohjelmistot ovat tehokkaita eri tarkoituksiin. Jotkut valitsevat ohjelmiston, joka on hyvin muokattavissa, kun taas toiset haluavat hypnoosia vain yhteen tarkoitukseen. Suurimman osan ajasta hypnoosiohjelmisto tarjoaa vaihtoehtoja, jotka sisältävät visuaalisen hypnoosin, kuulohypnoosin ja joskus näiden kahden yhdistelmän. Kun käytät hypnoosia kotona, on tärkeää seurata edistymistä, koska ei ole hypnotistia, joka voi lopettaa toimenpiteen, jos se kaatuu käsistä.
Yleensä tapa, jolla hypnoosiohjelmisto toimii, on se, että käyttäjä tallentaa ensin halutun viestin. Tämä viesti lähetetään sitten alustavasti takaisin käyttäjälle äänikanavien avulla, joskus visuaalisen rentoutumisen tekniikoiden avulla. Ohjelmisto hoitaa hypnoosin monimutkaisemmat ongelmat, kuten halutun tiedon muotoilun. Ohjelmiston tehokkuus riippuu paitsi siitä, kuinka hyvin se kodifioi henkilön viestin, vaan myös siitä, kuinka käyttäjä on vastaanottavainen hypnoosille.
Paras hypnoosiohjelmisto on erittäin muokattavissa, jotta jokainen käyttäjä voi saada kaiken irti istunnosta. Mukautettavan ohjelmiston avulla käyttäjät voivat myös tehdä muutoksia viestiin ajan myötä. Jotkut hypnoosiohjelmistot on suunniteltu siten, että käyttäjä voi suunnitella koko hypnoosiohjelman, tehdä muistiinpanoja ja pohtia kokemuksia matkan varrella. Se voi myös tarjota ehdotuksia sen mukaan, mikä toimii ja mikä ei.
Yksi huomio hypnoottista ohjelmistoa valittaessa on, kuinka paljon käyttäjä luottaa ohjelmistoon. Hypnotisti sitoutuu etiikkaan, mutta kuka tahansa voi tuottaa ohjelmistoja ja sisällyttää negatiivisia viestejä, jotka ovat osa hypnoottista kokemusta. Henkilö voi turhautua ohjelmistoon, joka ei toimi tehokkaasti, mikä voi turhauttaa prosessin tehdä positiivisia muutoksia, joita henkilö haluaa. Vaikka ilmainen ohjelmisto on helposti saatavilla, asiakastuen ja muun hyödyllisen materiaalin mukana toimitettu ohjelmisto voi usein olla parempi vaihtoehto ihmisille, jotka ovat vasta aloittamassa hypnoosia.
Mikään hypnoosiohjelmisto ei hypnoosi tehokkaasti muita ihmisiä ilman heidän tietämistään, eikä se todennäköisesti lähetä alitajuisia viestejä muille, jotka johtavat toimintaan. Tämä johtuu siitä, että hypnoosi ei yleensä toimi tehokkaasti, ellei henkilö ymmärrä, mitä tapahtuu tietoisella tasolla. Henkilön on oltava vastaanottavainen kokemukselle ja valmis tekemään halutut muutokset. Hypnoosi on osittain tehokas, koska se edustaa sitoutumista hypnoottisen viestin määrittämien muutosten tekemiseen. Siitä huolimatta ei ole hyvä idea saada negatiivisia ajatuksia jonkun hypnoottisten istuntojen sisällä.