Parhaan mikroskooppipalvelun valitseminen riippuu asiakkaan erityistarpeista. Mikroskopiapalvelut voivat erikoistua useille aloille, mukaan lukien biologinen tutkimus, kuluttajatuotteiden arviointi ja rikostekninen analyysi. Toimialoilla saattaa olla mikroskooppilaitteita käsillä, mutta ne edellyttävät laitteen tai näytteen valmistelun käyttöä koskevaa koulutusta. Laboratoriot ja itsenäiset yritykset tarjoavat koulutuskursseja ja opetusmateriaalia vastaamaan näitä tarpeita, kun taas muut mikroskooppipalvelut myyvät laitteita, lisävarusteita ja mikroskoopin korjauspalveluja.
Käyttämällä korkean resoluution elektronimikroskooppeja biologinen mikroskooppipalvelu voi paikantaa bakteerit, virukset tai muut mikrobit, jotka eivät näy paljaalla silmällä. Näiden laboratorioiden tarjoamat palvelut sisältävät usein epäiltyjen organismien havaitsemisen näytteestä tai uusien mikrobikantojen tunnistamisen. Palvelut sisältävät yleensä mikrokuvia tai valokuvia mikroskooppisista organismeista ja kirjallisia raportteja, jotka voivat sisältää havainnointimerkintöjä. Nämä palvelut kestävät tyypillisesti kahdesta neljään viikkoa, ja maksut vaihtelevat näytteiden lukumäärän ja vaaditun tutkimuksen tyypin mukaan.
Teollinen mikroskooppi voi palvella yrityksiä, jotka valmistavat kotitalous- tai henkilökohtaisen hygienian tuotteita. Nämä laboratoriot analysoivat tavallisesti tuotenäytteitä mikroskooppisesti optisten mikroskooppien avulla todisteiden tehokkuudesta. Teknikot voivat tarkkailla hiusnäytteitä ennen ja jälkeen tuloksia tai arvioida ihonäytteitä eri tuotteiden aiheuttamien reaktioiden varalta. Optiset mikroskooppipalvelut voivat sisältää myös kuitujen, kuitu- tai huokoisten materiaalien ja teollisuustuotteiden ainesosina käytettävien polymeerien tunnistamisen.
Jotkut mikroskooppipalvelulaboratoriot tarjoavat digitaalista ja valomikroskopiaa tai elektronimikroskopiaa materiaalien analysointiin ja tunnistamiseen erilaisista tarpeista aina autoteollisuudesta vedenlaadun suunnitteluun. Tarjolla on myös rikosteknisten tutkimusten mikroskooppipalveluja. Laboratoriot voivat tunnistaa tulipalon tai räjähdyksen jälkeen jääneet kemialliset jäämät, ja teknikot voivat suorittaa kemiallisen ja ristiinsovitusanalyysin väkivaltaisten rikospaikkojen karvoista ja kuiduista. Oikeuslääketieteen asiantuntijat voivat myös tunnistaa maaperänäytteet ja sovittaa materiaalit tiettyihin geologisiin paikkoihin.
Tietyt laboratoriot tarjoavat henkilökohtaista ja online -koulutusta elektronimikroskooppisten laitteiden käyttöön ja näytteiden kiinnittämiseen ja valmisteluun tarvittavista menetelmistä. Näiden kurssien aiheita ovat näytteiden dehydraatioon ja kryofiksaatioon tarvittavat tekniikat. Ohjeeseen saattaa kuulua myös tekniikka, jolla näytteet valmistetaan ohuiksi viipaleiksi tai poikkileikkauksiksi katsomalla upottamalla näytteet ensin hartsiin.
Kun yritykset harkitsevat mikroskooppilaitteiden ostamista, jotkut mikroskooppipalvelut tarjoavat tietoa ja ehdotuksia siitä, minkä tyyppisiä mikroskooppilaitteita voidaan soveltaa yrityksen tarpeisiin. Nämä yritykset myyvät tyypillisesti lisälaitteita, jotka sisältävät valonlähteitä ja digitaalista ohjelmistoa, joka laajentaa katselumenetelmiä. Mikroskooppikauppiaat antavat usein ohjeita tietyntyyppisten laitteiden käyttöönotosta ja käytöstä.