Parhaan pumpernickel -leivän valinta on pitkälti henkilökohtainen maku. On olemassa muutamia erityyppisiä leipiä, joita voidaan ostaa tai valmistaa, joten valinta perustuu toisinaan tyyliin, jolla on tunnetuimmat maut. Toinen näkökohta on, miten leipää käytetään, koska sen maku voi vaihdella makeasta ja kevyestä tiheään ja lievästi mausteiseen. Leivän rakenne voi myös olla hyvin erilainen riippuen ostetusta tyypistä, ja aitolla saksalaisella lajikkeella on hyvin mureneva ja kuiva rakenne, toisin kuin leipomoystävällisempi leipä, jolla on enemmän sienimäinen tunne. Pumpernickel -leivän ylimääräiset makuaineet voivat myös auttaa päättämään, mikä maistuu parhaalta, koska jotkut sisältävät kuminaa tai fenkolia, kun taas toiset sisältävät kahvia tai paahdettuja leivänmuruja.
Yksi erillinen versio pumpernickel -leivästä tunnetaan saksalaisena pumpernickelinä ja on mahdollisesti yksi varhaisimmista tunnetuista leipälajeista. Se on muodostettu ruisjauhoista, jotka sisältävät seokseen kokonaisia tai halkeilevia ruismarjoja yhdessä melassin kanssa. Käytetty hapatusaine on hapantaikina -alkuainetta, joka antaa leivälle fermentoitua makua. Taikina asetetaan neliskulmaiseen leivinpannuun ja paistetaan uunissa joissakin tapauksissa lähes koko päivän ajan, jolloin taikina on tiheää, tiukkaa murua ja hieman kuivaa. Tämä leipä on paras valita, kun tarvitaan pohjaa kosteille ainesosille, kuten levitteille tai suolatulle merenelävälle, kuten savulohelle.
Pumpernickel-leivän eri versio voidaan valmistaa tavanomaista ruisleipää muistuttavammalla tavalla, jolloin ruisjauho sekoitetaan vehnään tai yleisjauhoon, joten taikinassa on pidempiä ja joustavampia gluteenisäikeitä. Leivän syvänruskea väri ei saavuteta pitkällä leivonnalla, vaan käyttämällä tummia värjäysaineita, kuten kaakaojauhetta, melassia, kahvia tai suklaata. Nämä leivät on muotoiltu pyöreiksi leiviksi neliömäisten saksalaistyylisten sijasta ja paistettu paljon kuin tavallinen leipä. Tällainen pumpernickel sopii parhaiten voileipiin tai paahtoleipää, koska se sisältää enemmän kosteutta ja pehmeämmän tekstuurin kuin saksalainen lajike.
Molemmissa tapauksissa pumpernickel -leivän pitäisi tuntua raskaammalta kuin muut leivät, mikä tarkoittaa, että se sisältää enemmän ruista kuin vehnäjauhoa. Kuminan tai fenkolin siementen lisääminen on perinteistä, mutta tavallisia leipiä löytyy niille, jotka pitävät siementen makua epämiellyttävänä. Muita ainesosia voivat olla kuivatut hedelmät ja pähkinät korostaen leivän makeutta. Jotkut kaupallisesti tuotetut pumpernickel -leivät sisältävät itse asiassa suuren määrän keinotekoisia väriaineita ja makeutusaineita, mikä antaa niille maun, joka eroaa selvästi tavanomaisia ainesosia käyttävistä leipistä.