Kasvihuoneen on kyettävä siirtämään valoa, säilyttämään lämpö ja kestämään ankaria sääolosuhteita. Kasvihuoneen rakentamiseen käytettävien paneelien tyyppi on ratkaiseva, ja on myös harkittava asennusta, huoltoa ja budjettia parhaiden kasvihuonepaneelien valitsemiseksi. Kasvihuonepaneelit on valmistettu lasista, lasikuidusta tai polykarbonaatista. Jokaisella on etuja ja haittoja. Kun otetaan huomioon budjetti ja ylläpito sekä valon ja lämmön imeytyminen, polykarbonaattiset kasvihuonepaneelit toimivat parhaiten kasvihuoneen valaistuksessa ja lämmittämisessä samalla kun ne ovat kestäviä ja helppoja huoltaa.
Lasi on suosittu kasvihuonepaneelien materiaali, koska se siirtää parhaiten valoa. Se on myös kestävä, ja monet pitävät lasisia kasvihuonepaneeleja esteettisesti miellyttävimpinä. Lasin haittapuoli on kuitenkin se, että sen asennus ja runko voi olla erittäin kallista, koska se on raskas ja hauras. Vaikka se päästää paljon valoa päivän aikana, lasilevyille tarvittava metallirunko ei eristä hyvin, joten lämpö häviää helposti. On myös mahdollista, että lasinen kasvihuone kuumenee liikaa, jos sitä ei tuuleteta kunnolla, mikä voi olla tappavaa kasveille.
Lasikuituiset kasvihuonepaneelit ovat halvimpia vaihtoehtoja, ja ne on suhteellisen helppo asentaa ja vaihtaa. Lasikuitu on myös lasia vahvempaa ja kestää paremmin rakeita. Lasikuitujen ongelmana on, että se voi ajan myötä muuttua kellertäväksi eikä päästä niin paljon valoa, minkä vuoksi on tarpeen vaihtaa paneelit tai käyttää lisälämmittimiä. Puhdistus voi olla vaikeaa, varsinkin aaltopahvilasikuitulevyillä, ja jotkut ihmiset pitävät tämän tyyppisiä paneeleja houkuttelevina ja niiden on vaikea yhdistää maisemointiin. Toinen ongelma lasikuidusta valmistetuissa kasvihuonepaneeleissa on korkea syttyvyys ja suojavaatteiden ja -maskien tarve vaarallisten kuitujen vuoksi levyjä leikattaessa.
Polykarbonaatti -kasvihuonepaneeleilla on useita samoja etuja kuin lasikuidulla, mutta ilman syttyvyyttä ja kuituongelmia. Lisäksi polykarbonaatti päästää enemmän valoa kuin lasikuitu, ja vaikka mikään ei päästä niin paljon valoa kuin lasi, polykarbonaatti hajottaa valon, mikä luo optimaalisen ympäristön kasvien kasvattamiselle. Polykarbonaatin lämmönkestävyys- ja eristysominaisuudet ovat erinomaiset, ja se voidaan päällystää ultraviolettisuojaratkaisulla, joka auttaa estämään haalistumista ajan myötä. Vaikka polykarbonaatti ei olekaan niin esteettisesti miellyttävä kuin lasi, se on paljon budjettiystävällisempi ja helpompi huoltaa, kestää vuosia ilman rikkoutumista tai raskaan kehystyksen tarvetta.