Monet ihmiset kuvittelevat, että juurikanavan kipu on pahimmillaan toimenpiteen aikana, ja ovat yllättyneitä huomatessaan, että kipu on verrattavissa täytteen saamiseen. Juurikanavan jälkeen saatat kuitenkin kokea kipua, joka jatkuu päiviä tai jopa pidempään. Monissa tapauksissa käsikauppalääkkeet ja kipulääkkeet riittävät kivun hoitoon. Hammaslääkäri saattaa vähentää hampaita, jotka estävät hampaiden hiontaa leukasi ollessa kiinni, ja vähentää juurikanavan kipua dramaattisesti. Juurikanavan jälkeisen kroonisen kivun tapauksissa pysyvä infektio on todennäköisesti vastuussa, mikä vaatii antibiootteja tai toisen juurikanavan kivun lievittämiseksi.
Juurikanavilla on maine, joka aiheuttaa sietämätöntä, sietämätöntä kipua, mutta tämä on suurelta osin ansaitsematonta. Itse asiassa juurikanava suoritetaan, koska potilas kärsii jo kipusta hampaiden reikiintymisen ja infektion vuoksi. Verrattuna muihin hammaslääketieteellisiin toimenpiteisiin, jotka vaativat laajaa poraamista ja arkistointia, juurikanava on hiljainen asia, johon kuuluu pääasiassa kuolleiden ja tartunnan saaneiden materiaalien kaavinta käsinstrumenteilla. Toimenpiteen jälkeisinä päivinä voi kuitenkin odottaa jonkin verran juurikanavan kipua.
Jos vain hammas on saanut tartunnan, juurikivun kipua esiintyy yleensä vain vähän. Voimakkaampi kipu on kuitenkin todennäköistä, jos infektio on levinnyt hampaan ulkopuolelle joko hampaan ankkuroiviin nivelsiteisiin tai viereiseen luukudokseen. Vain hampaan infektio voidaan poistaa juurikanavalla. Kaikki ympäröivien kudosten infektiot vaativat kehon toipumiskykyä ja ehkä antibioottikuurin.
Juurikanavan jälkeinen kipu johtuu tyypillisesti hampaita ympäröivien nivelsiteiden ja muiden kudosten tulehduksesta. Turvotus voi aiheuttaa hampaan hieman kohoamisen, mikä tekee siitä näkyvämmän ja asettaa sen suurempaan paineeseen, kun leuka puristuu. Tämä aiheuttaa lisää ärsytystä ja sen myötä voimakkaampaa kipua. Kipulääkkeet, kuten ibuprofeeni ja asetaminofeeni, voivat auttaa estämään tulehdusta ja hallitsemaan kipua juurikanavan jälkeisinä päivinä. Hammaslääkäri saattaa myös vähentää hampaan profiilia estääkseen ärsytyksen, kun hampaat suljetaan tiukasti.
Kun potilaat kokevat lämpötilaherkkää juurikanavan kipua, lähde on todennäköisesti hampaassa. Kanavia on vaikea nähdä, ja juurikanavan aikana hammaslääkäri saattaa menettää hieman tartunnan saanutta materiaalia. Jos kylmä aiheuttaa juurikanavan kipua, on suositeltavaa neuvotella hammaslääkärin kanssa, onko toinen juurikanava tarpeen.