Indonesiassa on monia lajeja, jotka ovat trooppisen biologisen monimuotoisuuden kuuma paikka. Indonesia on valtava alue ja maa Australian pohjoispuolella ja Kaakkois -Aasiassa. Se koostuu 17,508 800,000 saaresta, jotka on järjestetty saaristoiksi, joista suurin on Uusi -Guinea, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores ja Timor. Uusi -Guinea, Borneo ja Sumatra ovat maailman toiseksi suurin, kolmas ja kuudes suurin saari, jotka kattavat yhteensä yli XNUMX XNUMX neliökilometriä. Indonesian lukuisten saarten eristäminen edistää niiden biologista monimuotoisuutta, ja eri lajit vaihtelevat jokaisella saarella ja ovat eristyksissä mannermaisista saalistajista.
Indonesiassa on kaksi ensisijaista eläintieteellistä aluetta: Sundaland lännessä ja Wallacea idässä. Nämä jakavat Wallace Line, kuvitteellinen linja, joka kulkee Borneon ja Sulawesin välillä. Linjan länsipuolella on enimmäkseen aasialaisia lajeja, itään Australian lajeja. Kaiken kaikkiaan noin puolet Indonesiasta on asumatonta, enimmäkseen sademetsää.
Sundalandissa on 381 nisäkäslajia, joista 173 on endeemisiä. Aiemmin jääkaudella alueen merenpinta oli niin alhainen, että eläimet pystyivät matkustamaan Aasian mantereelta saarille. Näin ollen täältä löytyy tiikeri, sarvikuono, norsu ja leopardi. Tunnetuin Indonesialle endeeminen laji, orangutan, löytyy Borneosta ja Sumatrasta, missä ne muodostavat kaksi erillistä lajia. Nämä oranssit suuret apinat ovat erittäin älykkäitä työkalujen käyttäjiä, mutta ihmisaktiviteetti ja elinympäristön tuhoaminen vaarantavat heidät. Kaunis Sumatran tiikeri, pienin tiikerilaji, löytyy ionipisteitä saaren yli, jossa se on vain 500 yksilöä.
Kaksi muuta Indonesialle endeemistä lajia ovat Sumatran ja Javan -sarvikuono, kaksi maailman harvinaisimmista ja uhanalaisimmista suurista nisäkäslajeista. Heitä on pitkään metsästetty sarvista, joilla on arvoa kiinalaisessa lääketieteessä. Sumatran sarvikuonoja on vain noin 300 ja jaava -sarvikuonoja vain 60. Tarvitaan huomattavia suojelutoimia sen varmistamiseksi, että nämä lajit toipuvat populaatioistaan. Prosessi voi kestää vuosisatoja.
Muita Indonesialle endeemisiä lajeja löytyy Wallaceasta, Wallace -linjan itäpuolelta. Wallacealla on 126 endeemistä lajia, mukaan lukien seitsemän makaki-apinalajia, viisi tarsier-lajia, anoa, harvinainen puhvelin alalaji ja babirusa, siankaltainen eläin, jolla on kaksi kaarevaa sarvea. Uuden-Guinean saarella on Indonesialle endeemisiä lajeja, kuten outo Goodfellow’s Tree -kenguru, lukuisia jyrsijälajeja, jotkut jalka pitkät, kaunis Papua-sarvikuono ja kuuluisa Komodo Dragon, suurin elävä lisko. Koska ainoat kotoperäiset istukanisäkkäät ovat lepakoita ja hiiriä, muut lajit, kuten Komodo Dragon, ovat ottaneet käyttöön markkinaraon, jonka suuret istukat olisivat muuten omaksuneet.