Ablaatioleikkausten yleiset sivuvaikutukset riippuvat tyypillisesti suoritettavasta ablaatioleikkauksesta. Kohdun limakalvon ablaatio, sydämen ablaatio ja lämpöablaatio ovat joitakin yleisimmistä ablaatioleikkauksista, ja niillä on tarkempia sivuvaikutuksia kuhunkin toimenpiteeseen liittyen. Näitä haittavaikutuksia voivat olla kouristukset, verihyytymät ja mustelmat. Kuten minkä tahansa leikkauksen yhteydessä, kipu, punoitus leikkauskohdassa ja infektio voivat olla kaikki ablaation yleisiä sivuvaikutuksia.
Ablaatioleikkaukset ovat lisääntyneet toimenpiteen vähemmän invasiivisen luonteen vuoksi. Vaikka ablaatiolla voi olla monia yleisiä sivuvaikutuksia, sivuvaikutuksia on paljon vähemmän kuin niitä, jotka johtuvat pitkästä leikkauksesta. Kohdun limakalvon ablaatio suoritetaan esimerkiksi kohdunpoiston sijasta. Toipuminen ablaatioleikkauksesta on myös huomattavasti vähemmän kuin invasiivisempi toimenpide.
Endometriumin ablaatio on kirurginen toimenpide, jossa kohdun endometriumin kerros poistetaan. Endometriumin ablaation yleisiä sivuvaikutuksia ovat vuoto emättimestä, kuukautiskipuja ja usein virtsaaminen. Potilaat voivat myös kokea kohdun perforaatiota tai suolisto-ongelmia, jotka ovat harvinaisempia sivuvaikutuksia. Vaikea verenvuoto, alaselkäkipu tai vatsakrampit voivat olla merkki vakavammasta leikkauksen komplikaatiosta, ja lääkärin tulee puuttua asiaan.
Sydämen ablaatiot poistavat epänormaalin sydänlihaksen, joka saattaa aiheuttaa potilaalle sydämeen liittyviä rytmihäiriöitä. Potilaat, joille tehdään tämäntyyppinen leikkaus, voivat kokea sydänlihaksen ablaation yleisiä sivuvaikutuksia, kuten verihyytymiä, verenvuotoa ja uusia rytmihäiriöitä. Muita ja mahdollisesti vakavampia sydämen ablaation sivuvaikutuksia ovat keuhkoverisuonten ahtauma ja sydämen kudosten, mukaan lukien laskimot ja sydämen seinät, perforaatio. Hengenahdistus, veren yskä tai rintakipu voivat olla merkkejä vakavista komplikaatioista, ja niihin on välittömästi kiinnitettävä huomiota terveydenhuollon ammattilaiselta.
Lämpöablaatio on yleinen menetelmä suonikohjujen poistamiseksi potilaiden jaloista. Kipu, verihyytymät ja mustelmat ovat suonikohjujen hoidossa käytetyn ablaation yleisiä sivuvaikutuksia. Jotkut potilaat saattavat tuntea itsensä väsyneiksi toimenpiteen jälkeen. Joillekin potilaille harvinaisempi sivuvaikutus on tunnottomuus säärissä.
Vaikka aivohalvaus ja hermovaurio ovat erittäin harvinaisia, ne ovat olleet vakavia sivuvaikutuksia, jotka liittyvät ablaatioleikkauksiin. Tutkimukset ovat osoittaneet, että useimmat ihmiset voivat olla hyviä ehdokkaita ablaatioon. Ihmiset, joilla on ruoka -aineallergioita, veren hyytymishäiriöitä tai aktiivisia ja toistuvia infektioita, voivat keskustella lääkärin kanssa ablaatioleikkauksiin liittyvistä riskeistä ja hyödyistä.