Agent Orangen synnynnäisiä vikoja voivat olla hermoputken viat, huuli- ja kitalaki, ylimääräiset numerot ja kehitysvamma. Nämä johtuvat dioksiinista, joka on yksi tämän kemikaalin tärkeimmistä ainesosista. Suuri osa tätä aihetta koskevasta tutkimuksesta sisältää raportteja Vietnamin veteraaneilta ja vietnamilaisilta, jotka ovat alttiina tälle saastaiselle Vietnamin sodan aikana. Lentokoneet pudottivat suuria määriä rikkakasvien torjunta -aineita sodan aikana rajoittaakseen Vietnamin sotilaiden käytettävissä olevaa kasvipeitettä.
Kun hermoputki, rakenne, joka syntyy sikiön alkuvaiheessa, ei muodostu kunnolla, seurauksena on hermoputken vika. Olosuhteet, kuten selkäranka ja aivokalvo, joissa aivot eivät täysin muodostu, ovat esimerkkejä näistä agentin oranssin synnynnäisistä epämuodostumista. Muilla lapsilla voi olla kehitysvamma, joka voi aiheuttaa vaihtelevaa vajaatoimintaa aivojen poikkeavuuksien vuoksi. Huuli- ja kitalakihalkioita voi esiintyä myös sikiön kehitysongelmien seurauksena. Nämä olosuhteet voivat olla haastavia ja vaikeasti hoidettavia.
Jotkut Agent Orangen synnynnäiset epämuodostumat aiheuttavat potilaille polydaktisen kehityksen, jossa heillä on ylimääräisiä sormia ja varpaita. Tämä voidaan hoitaa leikkauksella eikä se voi aiheuttaa pysyviä ongelmia. Herniat ovat myös yleisiä, ja niitä voidaan hoitaa myös leikkauksella. Keskenmeno ja kuolleena syntyminen ovat myös mahdollisia kemiallisen altistumisen komplikaatioita, jotka johtuvat synnynnäisistä epämuodostumista, jotka eivät ole yhteensopivia elämän kanssa. Vanhemmat, jotka ovat huolissaan, voivat pyytää lääkärin arviointia raskauden huonon lopputuloksen jälkeen selvittääkseen mahdolliset syyt.
Agent Orangen synnynnäisiä vikoja koskeva tutkimus osoittaa, että niitä voi esiintyä, kun kumpikin kumppani altistuu kemikaalille. Miehillä voi olla ongelmia siittiöiden kanssa altistumisen jälkeen ja he voivat kuljettaa siittiöitä, joissa on vikoja useita viikkoja altistumisen jälkeen. Naiset, jotka joutuvat kosketuksiin Agent Orangein kanssa raskauden aikana, voivat saada lapsia, joilla on synnynnäisiä vikoja altistuksen ajoituksesta ja voimakkuudesta riippuen. Tämä kemikaali voi myös aiheuttaa kroonisia terveysongelmia, jotka voivat edistää synnynnäisiä epämuodostumia.
Monet näistä synnynnäisistä poikkeavuuksista voidaan diagnosoida synnytystä edeltävällä seulonnalla, koska ne voivat näkyä ultraäänellä. Joissakin tapauksissa ihmisillä, joilla on synnynnäisiä epämuodostumia Agent Orangelta, voi olla oikeus saada korvausta tai apua hallitukselta tai työntekijän korvausrahastolta altistumisen olosuhteista riippuen. Tällaisten synnynnäisten vikojen lasten vanhemmat voivat keskustella vaihtoehdoista lääkärin kanssa. Korvaus voi auttaa heitä maksamaan leikkauksesta ja muista lapsen tukitarpeista, varsinkin jos Agent Orange altistumisen seurauksena ilmenee monimutkainen vamma, joka vaatii elinikäistä apua.