Useimmat ihmiset sietävät allergialääkkeitä hyvin, mutta henkilöllä saattaa olla joitain yleisiä sivuvaikutuksia. Yleisimpiä allergisten laukausten sivuvaikutuksia ovat punoitus ja turvotus pistoskohdassa sekä epämukavuus tai mustelmat alueella. Jotkut ihmiset voivat myös kokea ei-paikallisia sivuvaikutuksia, kuten yskää ja aivastelua. Hengityksen vinkuminen ja kutiavat silmät voivat myös kehittyä sen jälkeen, kun henkilö on saanut allergialääkkeen. Paljon harvemmin yksilö voi kärsiä vakavasta ja hengenvaarallisesta allergisesta vasteesta.
Yksi allergisten laukausten yleisimmistä sivuvaikutuksista on pistoskohdassa kehittyvä ärsytys. Tämä johtuu siitä, että aine, jolle henkilö on allerginen, pääsee kehoon tässä vaiheessa ja voi aiheuttaa allergisen reaktion pistoskohdassa. Jotkut reaktiotyypeistä, joita henkilö voi kokea pistoskohdassa, ovat ihon punoitus, turvotus ja kutina. Jotkut ihmiset voivat myös kehittää pientä ihottumaa tai kouristusta alueelle. Mielenkiintoista on, että monet ihmiset kehittävät tällaista ärsytystä vain muutaman minuutin kuluttua allergialääkkeen saamisesta, kun taas toiset huomaavat reaktion vasta vähintään muutaman tunnin kuluttua.
Epämukavuutta pistoshetkellä voidaan pitää myös allergiarokotteen sivuvaikutuksena. Tämäntyyppinen sivuvaikutus on yleensä vain vähäinen, koska useimmat ihmiset tuntevat vain pienen puristuksen, pistelyn tai palovamman, kun heillä on tällaisia injektioita. Nämä laukaukset aiheuttavat kuitenkin yleensä paljon vähemmän epämukavuutta kuin muunlaiset laukaukset, ja lääketieteen ammattilaiset yrittävät usein tunnistaa alueen, jotta ne eivät vahingoita. Esimerkiksi sairaanhoitaja voi puristaa aluetta hellävaraisesti ja aiheuttaa tunnottoman vaikutuksen tai levittää paikallispuudutetta iholle.
Joillekin ihmisille saattaa myös ilmaantua mustelmia pistoskohdassa vasteena allergialle. Henkilö voi saada satunnaisesti mustelmia allergialääkityksen jälkeen tai mustelmia joka kerta. Yleensä mustelmat kestävät kuitenkin vain hyvin lyhyen ajan.
Muita allergisten laukausten yleisiä sivuvaikutuksia ovat ei-paikalliset allergiset reaktiot. Esimerkiksi yksilö voi kokea minkä tahansa allergisen reaktion, joka hänellä normaalisti olisi vasteena allergeenille. Hän voi esimerkiksi yskä tai aivastaa tai kokea silmien ja kurkun kutinaa. Joillakin ihmisillä voi olla myös hengityksen vinkumista tai puristava tunne rinnassa. On kuitenkin tärkeää huomata, että tällaisia sivuvaikutuksia esiintyy todennäköisemmin, jos henkilö ei noudata normaalia pistosohjelmaa.
Harvoin henkilö kehittää allergisen reaktion, jota kutsutaan anafylaksiaksi vastauksena allergialääkkeeseen. Tämä on hengenvaarallinen allerginen reaktio, johon usein liittyy puristava tunne rinnassa ja hengitysvaikeudet. Tällöin ihminen voi myös menettää tajuntansa. Tämä reaktio kehittyvä henkilö tarvitsee välitöntä lääkärinhoitoa.