Antibioottien vaikutukset kuukautisiin eivät ole täysin varmoja, vaikka aiemmin on tehty tutkimuksia, joiden tarkoituksena on määrittää, vaikuttavatko antibiootit kuukautiskiertoon. Monet antibiootteja käyttävät naiset eivät huomaa eroja kuukautiskierrossa, kun taas toiset naiset ovat huomanneet muutoksia, joiden oletetaan johtuvan antibioottien käytöstä. Antibioottien mahdolliset vaikutukset kuukautisiin eivät välttämättä liity itse antibiooteihin, vaan infektioihin, joita antibiooteilla hoidetaan. Jotkut naiset ajattelevat, että antibiootit aiheuttavat voimakkaampaa verenvuotoa, viivästyneitä kuukautisia ja tavallista vakavampia kouristuksia, mutta nämä ongelmat voivat johtua infektioista, varsinkin jos infektiot liittyvät naisten lisääntymisjärjestelmään.
1940 -luvun lopulla kaksi brittiläistä lääketieteen asiantuntijaa teki tutkimuksen penisilliinin, joka on eräänlainen antibiootti, vaikutuksista useille naisille nähdäkseen, miten se vaikutti kuukautiskiertoon, jos ollenkaan. Heidän havaintonsa olivat epäselviä, vaikka useat tutkimukseen osallistuneet naiset raportoivat muutoksista, kuten vakavista kouristuksista ja normaalia raskaammasta verenvuodosta. Jotkut naiset huomasivat myös eroja kuukautisten alkamishetkessä ja sen kestossa. Vaikka monet naiset huomasivat eroja, monet naiset eivät huomanneet, minkä vuoksi tutkimus ei paljastanut paljon antibioottien vaikutuksista kuukautisiin.
Lisääntymisjärjestelmässä esiintyy useita infektioita, joiden hoitoon voidaan käyttää antibiootteja, ja nämä infektiot voivat aiheuttaa muutoksia kuukautisissa. Joitakin asioita, joihin antibiootteja käytetään toisinaan naisilla, ovat emättimen infektiot ja kohdun tulehdukset. Antibiootteja määrätään myös tietyntyyppisille hiiva -infektioille. Naiset, jotka havaitsevat muutoksia kuukautiskiertoissaan ja joilla on infektioita lisääntymisjärjestelmässään, kokevat todennäköisesti muutoksia infektioiden luonteen vuoksi eivätkä itse antibioottien vuoksi.
Vaikka antibioottien vaikutukset kuukautisiin liittyvät enemmän kuin todennäköisesti erilaisiin infektioihin kuin antibiooteihin, kaikista epätavallisista muutoksista on ilmoitettava lääkärille. Aina on mahdollisuus, että tietyt antibiootit voivat aiheuttaa kehon muutoksia, jotka voivat vaikuttaa kuukautiskiertoon. Jos syklin muutokset ovat hyvin epätavallisia ja vakavia, lääkäri voi auttaa. Jos lääkäri epäilee, että antibiootit aiheuttavat ongelmia kuukautisten kanssa, hän todennäköisesti yrittää löytää toisen antibiootin, joka määrää potilaalle, joka ei ehkä ole yhtä herkkä.