Atkinsin ruokavalion hyvät ja huonot puolet sisältävät sen hiilihydraattien ja rasvan saannin, lähinnä sen, että sen alhainen hiilihydraattipitoisuus on plussaa ja korkea tyydyttynyt rasvapitoisuus on haitta. Ruokavaliossa sallittuja suuria annoskokoja voidaan pitää ammattilaisena siinä mielessä, että laihduttajat eivät todennäköisesti tunne nälkää, mutta haittana on, että proteiineja kuluu todennäköisesti liikaa. Nopea alkupainonpudotus nähdään ammattilaisena, mutta kuidun puute vaikuttaa haitalta.
Ruokavalio, jossa on vähän hiilihydraatteja, kuten Atkinsin suunnitelma, vähentää tyypillisesti monia aiempia rasva- ja kalorilähteitä ylipainoisen ihmisen ruokavaliossa, joten laihtuminen koetaan tyypillisesti alusta alkaen. Kuitenkin tämän Atkinsin ruokavalion etujen ja haittojen edun kanssa tulee usein se haitta, että vain “veden paino” menetetään, joten se ei välttämättä jää pois. Ammattilaisten puolella diabeetikot voivat ehkä saavuttaa paremman sokerinhallinnan, koska insuliinin säätely on helpompaa kehossa vähähiilihydraattisella ruokavaliolla. Sitä vastoin diabeetikot ja muut, jotka ovat alttiita ummetukselle, voivat olla vielä pahempia, koska tarpeeksi kuitujen syöminen on usein vaikeaa monille Atkinsin ruokavalion ihmisille. Koska proteiinilähteitä, kuten lihaa, ei ole rajoitettu, laihduttajat voivat valita toisen proteiinipakatun ruoan avun sen sijaan, että ne sisältäisivät tarvittavat määrät kuitupitoisia vihanneksia osana ateriaansa.
Koska hiilihydraatteja on vältettävä mahdollisimman paljon Atkinsin suunnitelmassa, myös täysjyväkuitulähteitä ei ole esillä. Viljan puutteen korvaamiseksi Atkinsin laihduttajat käyttävät tyypillisesti enemmän proteiiniruokaa, kuten lihaa ja juustoa, koska annoksia ei ole rajoitettu. Suuri määrä eläinperäisiä proteiinipitoisia elintarvikkeita tarkoittaa yleensä runsaasti tyydyttyneitä rasvoja, jotka liittyvät huonoon sydämen terveyteen ja voivat myös vaikuttaa munuaisten tilaan. Toisaalta, koska hiilihydraatteja ei suositella, Atkinsin laihduttajat eivät kuluta paljon kaloreita ja rasvoja “tyhjistä” tai “roskaruoista”, kuten ranskalaisista perunoista ja evästeistä. Muut Atkinsin ruokavalion edut ja haitat koskevat ravintoaineita.
Jos Atkinsin laihduttajat syövät suuria proteiiniannoksia ja pienempiä määriä vihanneksia sekä hyvin rajallisia täysjyvätuotteita, välttämättömien ravintoaineiden puute on todennäköistä. Monet lääkärit ja ravitsemusterapeutit neuvovat, että monivitamiinien ottaminen ei ole hyvä korvike ravinnon saannista elintarvikkeista. Atkinsin ruokavalion hyvät ja huonot puolet sisältävät usein enemmän kuin riittävästi proteiinia, rautaa ja kalsiumia, mutta riittämätön määrä monia muita terveyteen tarvittavia vitamiineja ja kivennäisaineita.