Bakteerien esiintymistä siemennesteessä pidetään useimmissa tapauksissa normaalina, koska viljelmiä löytyy luonnostaan virtsa- ja sukupuolielimistä. Joissakin tapauksissa tämä terve bakteeri voi kasvaa hallitsemattomasti, mikä johtaa infektioon. Peniksen tai eturauhasen sisällä oleva infektio voi johtaa korkeaan bakteeripitoisuuteen siemennesteessä. Seksin harrastaminen infektoituneen kumppanin kanssa voi myös johtaa infektioon sukupuolielimissä tai virtsateissä, vaikka tämä on epätodennäköisempää.
Kaikkien terveiden miesten siemennesteessä on jonkin verran bakteereja. Nämä normaalisti esiintyvät kasvit kasvavat lisääntymis- ja virtsateissä eivätkä yleensä aiheuta haittaa. Miehillä, joita ei ole ympärileikattu, bakteerit voivat myös asettua esinahan taakse. Tämän bakteerin lisääntymistä voidaan estää asianmukaisella hygienialla. Ne, jotka eivät pese esinahansa taakse oikein, voivat saada virtsatieinfektion tai keskimääräistä enemmän bakteereja siemennesteessään.
Bakteerien kolonisaatiota ei pidetä infektiona. Infektio liittyy tyypillisesti lisäoireisiin, kuten virtsaamistiheyteen tai kiireellisyyteen. Muita infektion oireita ovat kuume, mätä tai peniksestä tuleva veri, epätavallinen vuoto tai kipu. Joskus infektion syytä ei tunneta. Normaalit bakteerit voivat kasvaa tavallista nopeammin monista syistä, mukaan lukien hormonaaliset ongelmat, epätavallinen stressi tai muu sairaus.
Suuret määrät bakteereja siemennesteessä voivat johtua myös infektiosta sukupuolta tartunnan saaneen kumppanin kanssa. Naiset, joilla on bakteeri -emätintulehdus, voivat levittää haitallisia bakteereja yhdynnän kautta. Tämän ei katsota olevan sama kuin sukupuolitaudit, jotka johtuvat enimmäkseen viruksista. Kun näin tapahtuu, miehet havaitsevat tyypillisesti infektion oireita. Yleensä lääkäri havaitsee siemennesteessä bakteereja.
Eturauhasen turvotus voi myös johtaa infektioon, koska turvonnut eturauhanen ei salli virtsarakon tyhjentymistä kokonaan. Bakteerien annetaan sitten kasvaa virtsarakon sisällä ja siirtyä sitten sukuelimiin. Tämä tila on paljon yleisempi vanhemmilla miehillä, koska he ovat alttiita suurentuneille eturauhasille.
Useimmissa tapauksissa siemennesteen suurten bakteerimäärien hoito sisältää antibioottilääkityksen käytön. Tarkka käytetyn lääkkeen tyyppi riippuu läsnä olevien bakteerien tyypistä. Harvinaisissa tapauksissa ympärileikkaamaton uros voi poistaa esinahansa toistuvan infektion vuoksi, jos bakteerit johtuvat esinahan alla olevasta kasvusta. Tämä on harvinaista miehillä, jotka harjoittavat asianmukaista hygieniaa. Miehille, joilla on suurentunut eturauhanen, annetaan usein lääkkeitä turvotuksen vähentämiseksi ja eturauhasen sairauksia voidaan myös hoitaa.