Bysantin kirkkojen rakenne ja ulkonäkö kehittyivät merkittävästi tuon imperiumin tuhannen vuoden historian aikana. Varhaiset kirkot perustuivat tiiviisti roomalaisen kansalais- ja uskonnollisen arkkitehtuurin malleihin. Bysantin valtakunnan keskivuotina rakennetuilla kirkoilla oli taipumus noudattaa ainutlaatuista arkkitehtisuunnitelmaa, jossa oli suuria ja rikkaasti sisustettuja kupolia. Bysanttilaiset kirkot, jotka rakennettiin keisarikunnan vähenevien vuosien aikana, olivat usein vähemmän rikkaasti sisustettuja, ja niissä alkoi näkyä kuvakkeita.
Ensimmäiset Bysantin kirkot rakennettiin roomalaisen mallin mukaan, koska Bysantin valtakunta oli Itä -Rooman valtakunta. Näissä kirkoissa oli tyypillisesti basilika -asettelu. Tämäntyyppisessä pohjapiirroksessa on kaksi riviä pylväitä, jotka erottavat osittain käytävät suorakulmaisen rakenteen sivulta ja tukevat myös kattoa. Kaareva apsi sijaitsee yleensä basilikan päässä. Tähän rakenteeseen lisättiin joskus siipiä, jotka loivat ristikkäisen muodon, mutta olivat yleensä lyhyempiä kuin basilikan pääsali.
Kun Bysantin valtakunnan kulttuuri muuttui perusteellisemmaksi kreikkalaiseksi, syntyi uusi Bysantin kirkon tyyli. Hagia Sofia, ehkä kaikkien aikojen tunnetuin bysanttilainen rakennus, esittelee tämän tyylin keskeisiä piirteitä. Tässä kirkossa on keskellä oleva kupoli, ja neljä samanpituista siipeä johtavat siitä. Tämä poikkeaa merkittävästi perinteisestä basilikasuunnitelmasta, ja sen mahdollistivat arkkitehtoniset edistysaskeleet, jotka mahdollistivat suurempien kupolien rakentamisen.
Bysantin kirkkojen uskonnollinen taide käytti tyypillisesti runsaasti materiaaleja koristamaan näkyvimpiä pintoja. Varakkaiden alueiden kirkot peitetään kokonaan mosaiikeilla, taiteella, jossa bysanttilaiset loistivat. Lasinsirpaleita ja kultalehtiä käytettiin yhdessä elävien värien luomiseen ja Bysantin kirkkoihin päästetyn valon vaikutuksen parantamiseen parannetun kupolirakenteen avulla. Marmoria ja muita kalliita materiaaleja käytettiin kirkkojen kaunistamiseen, ja vaikka joissakin kirkoissa oli uskonnollisia freskoja, mosaiikkeja pidettiin parempana.
Bysantin kirkkojen taideteoksissa on yleensä kuvattu tyyliteltyjä uskonnollisia henkilöitä. Näiden lukujen tarkoituksena oli välittää symbolinen ja hengellinen viesti pikemminkin kuin kuvata tarkasti ihmismuotoa. Varhaiset kirkot, kuten Ravennan San Vitale, esittivät joskus tunnistettavia ihmishahmoja, mutta tämä tuli paljon harvinaisemmaksi myöhempinä vuosina. Ihmismuodon kuvaaminen, jopa uskonnollisista syistä, oli kiistanalaista Bysantin kirkossa, ja ikonoklasmin kausi alkoi 700 -luvulla, jonka aikana paljon kirkon taidetta tuhoutui. Tänä aikana rakennettuja kirkkoja ei tyypillisesti koristeltu ihmisten kuvilla, edes tyyliteltyillä.
Imperiumin vähentyneinä vuosina kuvakkeet otettiin jälleen omakseen. Bysantin kirkot, jotka rakennettiin Bysantin valtakunnan viimeisinä vuosisatoina, eivät ainoastaan esittäneet uskonnollisia kuvia seinilleen, vaan lisäsivät kuvakkeiden seinän kirkon eteen. Tämä seinä peitettiin kokonaan Bysantin kuvakkeilla, maalattu tyyliteltyllä tavalla, joka oli kehittynyt vuosisatoja aikaisemmin. Kirkon koristelu tänä aikana oli yleensä vähemmän ylellistä, kun Imperiumin omaisuus oli hiipumassa.