Dysleksian syitä ei ole vielä täysin ymmärretty, mutta niiden uskotaan olevan pitkälti perinnöllisiä. Muita lukihäiriön syitä voivat olla kuulon heikkeneminen varhaislapsuudessa, mikä voi saada hyvin pienet lapset ymmärtämään väärin sanojen ja kirjainten sopivat äänet. Jotkut asiantuntijat uskovat, että lukihäiriö johtuu eroista aivojen rakenteessa tai toiminnassa. Dysleksiapotilaiden aivot voivat yrittää käsitellä puhuttua ja kirjoitettua kieltä aivojen oikealla puolella, kun taas aivot ihmisillä, joilla ei ole lukihäiriötä, yrittävät käsitellä kieltä vasemmalla puolella. Toiset uskovat, että lukihäiriö ilmenee, kun aivot eivät yksinkertaisesti muodostu kunnolla tai että kaikkien näiden tekijöiden yhdistelmä voi olla vastuussa lukihäiriöstä.
Jotkut asiantuntijat ajattelevat, että hyvin pienten lasten kuulovamma voi aiheuttaa heille dysleksian. Tämän teorian perusteluna on, että nämä pienet lapset kuulevat ja tulkitsevat väärin kielen ääniä, ja heillä voi olla vaikeuksia sovittaa kirjaimia oikeisiin ääniin.
Toiset uskovat, että aivojen kehittymiseen tai toimintaan liittyvät ongelmat ovat dysleksian tärkeimpiä syitä. Jotkut tutkijat ajattelevat, että lukihäiriöisten aivot eivät yksinkertaisesti muodostu asianmukaisesti, joten kielen normaaliin ymmärtämiseen tarvittavat hermoyhteydet eivät muodostu. Toiset taas ajattelevat, että lukihäiriöisten aivot yrittävät tulkita kieltä aivojen oikealla puolella. Uskotaan, että normaalien ihmisten aivot tulkitsevat kieltä aivojen vasemmalla puolella, joten henkilö, joka käyttää oikeita aivojaan kielen tulkitsemiseen, voi olla huomattavassa epäedullisessa asemassa.
Uskotaan, että perinnöllisyys on yksi dysleksian ensisijaisista syistä. Tutkijat uskovat, että geenien yhdistelmä voi olla mukana tämän tilan kehittymisessä. Lisäksi on havaittu, että tämän tilan sairastavien identtiset kaksoset kärsivät yleensä myös siitä. Ihmisillä, joilla on lukihäiriö, on yleensä erittäin todennäköisesti vanhempi, isovanhempi, täti, setä tai sisar tai vamma. Monet tutkijat myöntävät kuitenkin, että lukihäiriön syyt pysyvät salaperäisinä ja että osa tai kaikki näistä tekijöistä sekä tekijät, joita ei ole vielä tunnistettu, voivat olla vastuussa tilasta.