Useimmat hyönteis-, lintu- ja nisäkäslajit tarvitsevat tietyn elinympäristön selviytyäkseen. Elinympäristö tarjoaa ruokaa ja pesimä- tai lisääntymispaikkoja. Kun elinympäristöt tuhoutuvat, monet lajit kuolevat sukupuuttoon. Luontotyyppien tuhoutumisen kaksi pääasiallista syytä ovat ihmisen toiminnan, kuten rakentamisen ja maanviljelyn, aiheuttama, ja luonnon aiheuttama tuho, kuten tulipalot, maanjäristykset ja muut luonnonkatastrofit.
Elinympäristö koostuu tietyistä kotoperäisistä kasveista ja olosuhteista, jotka tarjoavat kodin ja lisääntymisalueen linnuille, nisäkkäille ja hyönteisille. Monet luontotyypit ovat ominaisia alueelle ja ilmastolle ja ovat erittäin hauraita. Esimerkiksi kosteikot ovat erityisen runsaasti kasvistoa ja eläimistöä, ja ne ovat myös alttiita vaurioille. Samoin sademetsät tarjoavat rikkaita elinympäristöjä lukemattomille lajeille. Muita elinympäristöjä ovat lauhkeat metsät, niityt ja preeriat.
Yksi tärkeimmistä elinympäristöjen tuhoutumisen syistä on metsäkato. Metsäkato vaikuttaa lauhkeisiin, subtrooppisiin ja trooppisiin alueisiin. Metsäkato tapahtuu, kun suurin osa tai kaikki alueen puut on kaadettu joko raivaamaan maata rakentamista, maataloutta tai puuta varten. Monet herkät ekosysteemit, erityisesti tropiikissa, tuhoutuvat joka päivä metsien häviämisen vuoksi.
Myös kosteikkojen täyttäminen asuntojen ja muiden rakenteiden rakentamiseksi on merkittävä syy elinympäristön tuhoutumiseen. Yksi lampi voi luoda ainutlaatuisen ympäristön, joka tukee monia erilaisia lajeja. Jos kehittäjä, kaupunki tai kodin omistaja täyttää lampin, elinympäristö tuhoutuu ja siihen luottaneet lajit syrjäytetään.
Maatalous aiheuttaa myös elinympäristöjen tuhoutumista, kun metsät on kaadettu hakemaan tilaa viljelylle ja karjan kasvatukselle. Lannoitteiden ja torjunta -aineiden käyttö voi myös tuhota elinympäristön, kun kemikaalit peseytyvät paikallisiin vesistöihin ja leviävät koko ekosysteemiin, mikä muuttaa usein herkkää tasapainoa. Myös suuret määrät kotieläinten tuottamaa lantaa joutuvat vesistöihin, mikä lisää saastumista. Monet lajit luottavat järviin, puroihin ja jokiin, ja kun nämä alueet ovat pilaantuneet, elinympäristö menetetään. Patot tuhoavat myös elinympäristöjä estämällä muuttavia kaloja virittäytymästä kutualueilleen.
Ihmisten toiminta ei ole ainoa syy elinympäristön tuhoamiseen. Luonto itsessään muuttuu ja muuttuu jatkuvasti, ja muutoksen sattuessa usein kokonaiset elinympäristöt menetetään. Esimerkiksi salaman sytyttämät villipalot voivat tuhota metsät ja niityt.
Lisäksi tulvat muuttavat makean veden virtojen, jokien ja kosteikkojen herkkää dynamiikkaa, ja ylityöpaikat muuttuvat vähitellen. Esimerkiksi kosteikkoalue voi kuivua ja muuttua niityksi, tuhota entisen elinympäristön mutta luoda uuden. Samoin niityt voivat muuttua soiksi.
Ihmisen puuttuminen aiheuttaa kuitenkin eniten vahinkoa ekosysteemeille ja elinympäristöille. Jopa eksoottisia ja vieraita kasveja täynnä olevan puutarhan istuttaminen vähentää paikallisten lajien elinympäristön määrää. Siten monet puutarhurit istuttavat puutarhoihinsa alkuperäisiä kasveja, jotka auttavat palauttamaan kehityksen aikana kadonneen elinympäristön.