Endoskooppinen sedaatio lievittää fyysistä epämukavuutta ja ahdistusta, joka usein liittyy endoskooppiseen seulontatestiin. Jotkut endoskooppiset toimenpiteet eivät edellytä rauhoittavien lääkkeiden antamista. Useimmat ihmiset saavat joko tajuissaan tai kohtalaisen sedaation, syvän sedaation, ja harvinaisissa tapauksissa yleisanestesiaa voidaan käyttää ennen endoskooppista tutkimusta.
Tietoista tai kohtalaista sedaatiota käytetään normaalisti sellaisiin toimenpiteisiin kuin proktoskopia, enteroskopia tai kolonoskopia. Potilas on hereillä ja pystyy vastaamaan suullisesti kysymyksiin tentin aikana. Kipulääkkeiden ja rauhoittavien aineiden yhdistelmä annetaan laskimoon (IV) juuri ennen toimenpiteen alkua. Nämä lääkkeet aiheuttavat muuttuneen käsityksen kokemuksesta, joka poistaa epämukavuuden ja ahdistuksen seulonnan aikana.
Syvä sedaatiota suositellaan usein esophagogastroduodenoscopy, joka on seulontatutkimus ylemmästä ruoansulatuskanavasta (GI), joka suoritetaan vatsan, ruokatorven ja pohjukaissuolen häiriöiden diagnosoimiseksi. Potilas, joka saa syvää sedaatiota, voidaan herättää unesta vastauksena erittäin tuskallisiin tunteisiin. Syvä sedaation aikana potilaalla on usein hengitysvaikeuksia ja hän voi tarvita happea nenän kautta.
Hypnoottista ainetta, propofolia, käytetään usein syvän sedaation aiheuttamiseen. Se aiheuttaa suuremman tajuttomuuden kuin tietoiseen sedaatioon käytetty rauhoittava aine. Propofoli ärsyttää verisuonten limakalvoa, joten se voidaan sekoittaa nukutusaineen lidokaiinin kanssa ennen injektiota. Se voi aiheuttaa alhaisen verenpaineen ja aiheuttaa potilaan hengityksen pysähtymisen. Hoitava hoitohenkilökunta seuraa potilaan elintoimintoja huolellisesti.
Yleispuudutusta voidaan toisinaan käyttää joihinkin endoskooppisiin toimenpiteisiin, jos lääkäri katsoo sen tarpeelliseksi. Anestesialääkkeet saavat ihmisen nukkumaan syvään uneen. Yleispuudutuksessa oleva henkilö ei reagoi kivuliaisiin ärsykkeisiin tai hänellä ei ole kykyä hengittää ilman tuuletinta. Tämäntyyppinen anestesia on riskialttiimpaa ja vaatii anestesiologin läsnäolon.
Endoskopian sedaation sivuvaikutukset ohittavat yleensä muutaman tunnin kuluessa toimenpiteestä. Monet raportoivat päänsärkyä, johon liittyy pahoinvointia tai oksentelua. Yleisen anestesian vaikutusten kuluminen kestää kauemmin ja epämiellyttävien sivuvaikutusten esiintyvyys lisääntyy. Endoskopian sedaation ja anestesian aiheuttamat lääkkeet poistavat yleensä kaikki seulonnan muistit. Jokainen, joka saa endoskopian sedaatiota, on ajettava kotiin, ja häntä kehotetaan olemaan tekemättä tärkeitä päätöksiä tai allekirjoittamaan oikeudellisia papereita 24 tunnin kuluessa toimenpiteestä.