On olemassa useita erilaisia juustokakun kuoria, joista osa valmistetaan tyhjästä, ja toiset käyttävät pohjana kaupallisesti valmistettuja keksejä tai vohveleita. Yleisimmin käytetty juustokakun kuori Yhdysvalloissa ja joillakin muilla alueilla perustuu graham-kekseihin. Samanlaisia kuoria voidaan valmistaa murskaamalla muun tyyppisiä vohveleita ja keksejä, joista osa vaatii sideaineiden lisäämisen. Muut versiot valmistetaan tyypillisesti leivonnaisista tai sienikakkuista, mutta juustokakkukuorta on mahdollista valmistaa myös murskatuista pähkinöistä tai pähkinäjauhoista.
Juustokakku on eräänlainen aavikko, joka valmistetaan pehmeästä juustosta, jota ei yleensä ole kypsytetty. Jotkut juustokakut valmistetaan tuorejuustosta, kun taas toiset käyttävät neufchatelia, ja Saksassa he käyttävät erilaisia tuorejuustoja, jotka tunnetaan nimellä rahka. Muita ainesosia ovat tyypillisesti sokerit, erilaiset kermatyypit ja munat, vaikka eri alueilla ympäri maailmaa on kullakin omat ainutlaatuiset reseptinsä. Nämä aavikot juontavat juurensa ainakin antiikin Kreikan ajalle, jolloin Aegimus-niminen lääkäri kuvasi useita erilaisia juustokakkuja, mukaan lukien sellaisen, jossa käytettiin nykyaikaisten reseptien kaltaista kuorta.
Suosituimmat juustokakkukuoret voivat vaihdella maittain, vaikka graham cracker -kuoret ovat suosittuja Yhdysvalloissa ja joillakin muilla alueilla. Tällainen juustokakun kuori vaatii murskattuja graham-keksejä, jotka sekoitetaan voin kanssa ja puristetaan sitten tasaiseksi pannulle. Kuori voi olla joko ohut tai paksu, ja joskus se paistetaan ennen juustokakun täytteen lisäämistä. Graham-keksien lisäksi käytännöllisesti katsoen minkä tahansa tyyppiset keksit tai vohvelit voidaan murskata ja käyttää samantyyppisen kuoren valmistamiseen. Jos käytetään kermatäytteistä keksiä tai keksiä, voita ei yleensä tarvitse lisätä sideaineeksi.
Juustokakkukuoret voivat myös olla joko taikina- tai sienikakkupohjaisia. Nämä kuoret valmistetaan samalla tavalla kuin muutkin leivonnaiset ja sokerikakut. Jotkut juustokakkureseptit vaativat leivonnaisten asettamista päälle tai juustokakun käyttämistä täytteenä sienikakun päälle.
Toinen vaihtoehto juustokakun pohjalle on käyttää murskattuja pähkinöitä tai pähkinäjauhoja. Voita tai muita sideaineita on tyypillisesti lisättävä murskattuihin pähkinöihin, kuten Graham-keksejä kuoriin. Pähkinäjauhoista voidaan valmistaa taikinamainen juustokakkukuori, joka voi myös muistuttaa murokeksi.