Pienen yrityksen pyörittäminen edellyttää, että yrityksen omistaja tai omistajat käyttävät paljon erilaisia hattuja ja suunnittelevat yrityksen perustamisen ja johtamisen eri näkökohtia. Onneksi on olemassa monenlaisia pienyritysten suunnitteluohjelmistoja, joiden avulla yrityksen omistaja voi suunnitella oikein liiketoiminnassa tapahtuvia asioita. Joitakin saatavilla olevia pienyritysten suunnitteluohjelmistovaihtoehtoja ovat liiketoimintasuunnitelman kirjoittaminen, liiketoimintatavoitteiden asettaminen ja seuranta, organisaatiokaavioiden ja suunnitelmien luominen, ohjelmistot tiettyjen yritysprojektien suunnitteluun ja hallintaan sekä kirjanpitoohjelmisto.
Kun pienyritys on vasta aloittamassa toimintaansa, mieluiten ennen yrityksen avaamista, ensimmäinen pienyritysten suunnitteluohjelmiston tyyppi, jota omistajan tulisi harkita, on liiketoiminnan suunnitteluohjelmisto. Liiketoiminnan suunnitteluohjelmistojen avulla yritysten omistajat voivat luoda kirjallisen oppaan, jota he ja yrityksen työntekijät voivat seurata. Liiketoiminnan suunnitteluohjelmistot ohjaavat yrityksen omistajan tavoitteiden asettamiseen, strategisen markkinointisuunnitelman laatimiseen tavoitteiden saavuttamiseksi ja lyhyen ja pitkän aikavälin tavoitteiden luomiseksi sekä vaiheet, jotka jokaisen yrityksen on otettava saavuttaakseen kaikki nämä tavoitteet.
Jotkut liiketoiminnan suunnitteluohjelmistot sisältävät työkaluja, joiden avulla yrityksen omistaja voi asettaa liiketoimintatavoitteensa, mutta myös seurata tavoitteiden edistymistä. Mahdollisuus seurata asetettujen tavoitteiden edistymistä antaa yrityksen omistajalle ja työntekijöille mahdollisuuden tehdä tarvittaessa muutoksia päästäkseen oikealle tielle kohti tavoitteiden saavuttamista tai jatkaa polkua asetettujen tavoitteiden saavuttamiseksi.
Kun pieni yritys aloittaa toimintansa, omistaja voi olla sen ainoa työntekijä. Liiketoiminnan suunnitteluohjelmisto, joka luo organisaatiokaavioita, antaa yrityksen omistajalle mahdollisuuden suunnitella työntekijöiden tarpeita organisaation kasvaessa. Tämän tyyppisten ohjelmistojen avulla yrityksen omistaja voi arvioida ja suunnitella, millaisia työntekijöitä ja kuinka monta työntekijää se mahdollisesti tarvitsee päästäkseen yrityksen nykyisestä sijainnista sinne, missä omistaja haluaa sen olevan tulevaisuudessa.
Jotkut pienet yritykset hoitavat yksittäisiä asiakasprojekteja. Tämäntyyppisille yrityksille projektinhallintaohjelmistot voivat olla hyödyllisiä. Tämäntyyppisten ohjelmistojen avulla yritys voi käsitellä jokaista projektiaan omana kokonaisuutena. Ohjelmiston avulla voidaan seurata työntekijän aikaa, kustannuksia ja edistymistä muutamina sen mittaamana kohteena.
Monet pienyritysten omistajat päättävät hoitaa omaa kirjanpitoaan ammattikirjanpitäjän työskentelyn sijaan. Tässä tapauksessa erityisesti pienyritysten kirjanpitoa käsittelevä liiketoiminnan suunnitteluohjelmisto antaa pienyritysten omistajille mahdollisuuden toimia oman yrityksensä kirjanpitäjänä.