On olemassa useita erilaisia bagelitäytteitä, jotka ovat makeita tai suolaisia ja voivat todella muuttaa bagelin ateriaksi, olipa kyseessä aamiainen, lounas tai nopea välipala. Jotkut yleisimmistä ja perustason bagelitäytteistä ovat voita ja tuorejuustoa. Muut ihmiset haluavat tehdä bagel -voileivän käyttämällä maapähkinävoita, deli -lihaa levityksellä tai aamiaistuotteita, kuten munaa ja juustoa. Ottaen askeleen pidemmälle, myös pizza -bagelit ovat suosittuja, usein tehty marinarakastikkeesta, sulatetusta juustosta ja muista suosikki pizzakastikkeista. Tietyillä alueilla lox – eräänlainen ohuesti viipaloitu savulohi – on myös suosikki, usein tarjoillaan tuorejuuston kanssa.
Yksilön valitsemat sämpylät täyttävät suurelta osin käytetyn bagelin tyypin. Tavalliset tai täysjyväpullot ovat anteeksiantavia monille erilaisille täytteille, mutta tietyt tyypit, kuten kaneli-rusina tai sipulibileet, rajoittavat täytteen valintaa. Pääsääntöisesti voi ja kermajuusto maistuvat käytännöllisesti katsoen kaikenlaisille bageleille, joten ne ovat joitakin suosituimmista ja helpoimmista käyttää. Monet ihmiset haluavat kuitenkin olla hieman luovempia täytteiden kanssa ja nauttivat uusien yhdistelmien kokeilusta.
Maapähkinävoi, joka on levitetty tavalliseen sämpylään, voi olla herkullista täytettä. Myös maustettua hyytelöä tai hilloa voidaan lisätä, ja jotkut ihmiset haluavat myös lisätä viipaloituja banaaneja maapähkinävoinsa kanssa. Hieman harvinaisempi vaihtoehto on suklaa-hasselpähkinälevite, joka voi olla herkullista tavallisella tai kaneli-rusina-bagelilla. Lox on toinen erittäin suosittu bagelitäyte, ja sitä tarjoillaan usein sipulien ja kapriksen sekä tuorejuuston kanssa. Vaikka se kuulostaa enemmän lounaalta, monet ihmiset pitävät näistä suolaisista täytteistä aamiaiseksi.
Bagel -voileivät ovat monien suosikki tapa valmistaa sämpylöitä. Aamiaisvoileivät, kuten muna ja juusto, joka on valmistettu pekonista, kinkusta tai makkarasta, voivat olla erityisen herkullisia. Yksinkertaiset deli -lihavoileivät tai tomaatti ja salaatti yrttilevityksen kanssa ovat myös hienoja bagelitäytteitä. Yksinkertainen sulatetulla juustolla valmistettu avoin bageli voi olla hyvä välipala. Niille, jotka haluavat olla hieman luovempia, pizza -bagel -levite tomaattikastikkeella ja juustolla, mausteilla ja muilla pizzan täytteillä, kuten pepperoni, oliivit tai viipaloidut vihannekset, voi olla loistava lounas erityisesti lapsille.