Chakrat ovat ihmiskehossa ja sen päällä olevia kohtia, jotka on perinteisesti yhdistetty elämänenergian ja -voimien eri osa -alueisiin. Jokaisen seitsemän chakran uskotaan liittyvän tiettyyn väriin ja vuorostaan tietyntyyppisiin chakra -jalokiviin, jotka määritetään keskipisteen värillä. Jalokivien soveltaminen sopiviin kehon osiin uskotaan auttavan yhdenmukaistamaan yksilön chakrat ulkomaailman kanssa; koska nämä jalokivivalinnat perustuvat suurelta osin väriin, laaja valikoima hyväksytään tarkkoiksi.
Juurchakra liittyy selkärankaan ja alaselän ympärille, ja sitä edustaa punainen. Siksi kaikki tähän keskipisteeseen liittyvät chakra -jalokivet ovat punaisia. Jotkut yleisimmin havaituista ovat rubiini, punainen jaspis ja granaatti, vaikka vaaleanpunaisia kiviä, kuten rodokrosiittia ja ruusukvartsia, voidaan myös käyttää. Tämän yläpuolella on chakra, joka liittyy oranssiin ja lisääntymiselimiin ja sisäelimiin. Karneoli, palo -opaali, meripihka ja mandariinikvartsi liittyvät tähän sakraal Chakraan.
Aurinkopunoksessa sijaitsee kolmas chakra, manipura. Keltaisia chakra -jalokiviä, kuten topaasia, sitriiniä ja meripihkaa, käytetään tähän chakraan keskittyvien vaivojen parantamiseen. Juuri tämän yläpuolella kehossa sijaitseva sydänchakra tai anahata liittyy ehkä yllättävän vihreään. Sydänchakran yhteydessä käytetään useita vihreitä kiviä, mukaan lukien smaragdi, malakiitti, jade, vihreä kvartsi ja krysopraasi. Kurkun chakra on sininen, ja kiviä, kuten lapis lazuli ja safiireja, käytetään yleisesti yhdessä tämän kanssa.
Kolmas silmächakra, joka sijaitsee otsalla, on indigo ja liittyy yleisesti safiireihin, atsuriittiin ja ametistiin. Viimeisen chakran, kruunun, katsotaan olevan tiiviisti sidottu violettiin. Kivet ovat samankaltaisia kuin kolmannen silmän chakran kanssa käytetyt kivet, vaikka chakran jalokivien sävy on tärkeä. Tummemmat violetit kivet, kuten obsidiaani, heijastavat surua, kun taas vaalean violetit kivet, kuten ametisti, voivat edustaa yksilön rakkautta lähimmäisiään kohtaan.
Chakra -jalokiviä käytetään eri tarkoituksiin. Kolmannen silmän chakraan liittyviä indigokiviä voidaan käyttää meditaation syvyyden lisäämiseen, kun taas auringonpunoksen keltaisten kivien käytön uskotaan auttavan yksilöä järjestämään ajatuksia ja keskittymään mieleen. Koska kivin väri on tärkein, kivien valinta voidaan räätälöidä yksilöiden tarpeiden ja maun mukaan.