Chakran perusvärejä on seitsemän, joista jokainen merkitsee erilaista ideaa tai käsitettä. Nämä värit kulkevat kehon osissa ja sisältävät punaisen, oranssin, keltaisen, vihreän, sinisen, indigon ja violetin. Hindulaisuudessa chakran värit edustavat energiaa, jonka uskotaan lähtevän ihmisistä ja hallitsevan tunteita ja kehoa.
Chakran pohja tai juuri on punainen, tunnetaan myös nimellä muladhara. Tämä väri edustaa hengen maadoitusta maan päälle ja sen uskotaan olevan vastuussa osallisuuden ja luottamuksen tunteista. Kaavioissa punainen chakra sijaitsee jaloista jalkoihin. Punaisen chakran uskotaan hallitsevan selkärankaa, immuunijärjestelmää ja alavartaloa.
Oranssi on toinen chakraväreistä ja sitä kutsutaan joskus swadhisthanaksi. Yleisimmin tunnettu hedelmällisyyden ja seksuaalisuuden hallitsemisesta, oranssi chakraa pidetään myös luovuuden keskuksena. Se sijaitsee alavatsasta lantioon ja sen uskotaan hallitsevan sukupuolielimiä ja suolistoa.
Keltaista chakraa kutsutaan yleisesti aurinkopunokseksi. Tämä chakra, joka on vastuussa henkilökohtaisesta voimasta ja voimasta, uskotaan olevan ihmisen kyvyn saavuttaa tavoitteensa. Kolmanneksi chakran väreistä pidetään energiaa, joka mahdollistaa emotionaalisten asioiden kognitiivisen ymmärtämisen. Fyysisessä mielessä aurinkopunos ohjaa ylävatsan, vatsan ja alueen tärkeimpiä elimiä.
Vihreä edustaa sydänchakraa, joka tunnetaan myös nimellä anahata. Hindulaisuuden moderneissa muunnelmissa vihreää chakraa voi edustaa myös vaaleanpunainen väri. Se hallitsee paitsi rakkauden, myös vihan tunteita sekä kaikkia tunteita siltä väliltä. Neljännen chakran värin uskotaan ohjaavan sydäntä ja verta ihmisen kehossa.
Kurkussa ja niskassa uskotaan olevan viides chakra, jota edustaa sininen väri. Sanskritin kielellä tunnettu visuddha, sininen chakra ohjaa kehon kaulaa, käsiä ja käsivarsia. Hindulaisuudessa sinisen chakran uskotaan olevan tasapainossa vain silloin, kun henkilö on rehellinen; valehtelulla voi olla vakavia seurauksia alueen fyysiselle terveydelle.
Indigo, kolmannen silmän väri, sijaitsee otsassa. Kuudes chakraväri vastaa ihmisen yhteydestä alitajuntaansa sekä yhteydestä koko maailmankaikkeuteen. Joskus kirjoitettu ajnaksi, indigo -chakra on vastuussa intuitiosta, ja se voi heiketä tasapainosta henkilökohtaisen eheyden puutteen vuoksi.
Violetti tai violetti edustaa kruunushakraa, joka sijaitsee pään yläosassa. Tämä chakra, joka on kirjoitettu sahasraraksi sanskritiksi, uskotaan olevan vastuussa tiedosta ja yhteydestä korkeampaan voimaan. Chakra -viimeisten värien epätasapainon uskotaan vaikuttavan kaikkiin muihin chakroihin, mikä johtaa rauhan puutteeseen ihmisen elämässä.