Lihasjärjestelmän häiriöiden hoito riippuu tekijöistä, kuten häiriön tyypistä, esiintyvistä erityisistä oireista ja potilaan yleisestä terveydestä. Näiden häiriöiden hoitoon käytetään usein reseptilääkkeitä ja reseptilääkkeitä. Fysioterapiaa, ravintolisiä ja liikuntaa käytetään myös yleisesti lihasten häiriöiden hoitoon. Tukivälineet, kuten kävelijät, kepit tai pyörätuolit, voivat joskus olla hyödyllisiä niille, joilla on lihaksiin vaikuttavia häiriöitä. Kaikista erityisistä kysymyksistä tai huolenaiheista näiden sairauksien erilaisista hoitovaihtoehdoista on keskusteltava lääkärin tai muun lääketieteen ammattilaisen kanssa.
Lääkkeitä käytetään usein ensimmäisenä hoitovaiheena niillä, joilla on lihasjärjestelmän häiriöitä. Itse asiassa ihmiset, joilla on suhteellisen lieviä oireita, voivat yrittää itsehoitoa käsikauppalääkkeillä tai kasviperäisillä lisäaineilla ennen kuin neuvottelevat lääkärin kanssa diagnoosin saamiseksi. Kun diagnoosi on tehty, valvova lääkäri voi määrätä vahvempia kipulääkkeitä, jos käsikauppalääkkeet eivät ole antaneet riittävästi kipua. Lisälääkkeitä, joita voidaan käyttää, ovat steroidit, lihasrelaksantit ja kouristuslääkkeet.
Fysioterapia on tärkeä osa monia hoito -ohjelmia niille, joilla on lihasjärjestelmän häiriöitä. Terapeutti voi auttaa potilasta suorittamaan turvallisia harjoituksia, jotka pitävät lihakset aktiivisina ja estävät heitä hukkaan. Monet näistä harjoituksista voidaan suorittaa kotona, vaikka on parasta tarkistaa lääkäriltä ennen uuden harjoitussuunnitelman aloittamista. Vesiaerobicia pidetään tyypillisesti mukavimpana ja hyödyllisimpänä liikuntamuotona niille, joiden lihakset ovat heikentyneet.
Ravitsemusterapiaa voidaan käyttää joidenkin sairauksien hoitovaihtoehtona. Monet potilaat, joilla on lihasongelmia, osoittavat oireiden parantumista lisäämällä ruokavalioon ylimääräistä proteiinia. Ne, joilla on tiettyjä sairauksia, kuten munuaissairaus, eivät ehkä pysty lisäämään proteiinia turvallisesti ruokavalioon, joten on ensin kuultava lääkäriä. Yksinkertaisilla verikokeilla voidaan määrittää, esiintyykö erityisiä ravitsemuksellisia puutteita, ja lääkäri voi suositella tai määrätä lisäravinteita.
Tukevilla liikkumisvälineillä voidaan auttaa potilaita, joilla on heikentäviä lihasjärjestelmän häiriöitä, pysymään ainakin osittain itsenäisinä pidemmän aikaa. Vaikka joidenkin ihmisten on ehkä käytettävä näitä laitteita vain satunnaisesti, toiset saattavat tarvita niitä pysyvämmin. Lääkäri voi auttaa yksittäistä potilasta päättämään sopivimmasta hoitomenetelmien yhdistelmästä tietyssä tilanteessa.