Erilaiset hydronefroosihoidot riippuvat yleensä tukoksen sijainnista, koska alkuperäinen tavoite on tyhjentää juuttunut virtsa. Kun virtsa on poistettu, hoidon painopiste siirtyy varmistamaan, että ongelma ei toistu. Hydronefroosihoito alkaa yleensä joko katetrilla tai putkella, joka asetetaan kehoon nesteen tyhjentämiseksi. Kun tämä on suoritettu, tukos on usein poistettava yleensä leikkauksella.
Kiinni jääneen virtsan poistaminen ja munuaisiin kohdistuvan paineen vähentäminen on hydronefroosihoidon ensisijainen tavoite, koska tämä on tärkeää munuaisvaurioiden estämisessä. Usein tämä saavutetaan katetrin avulla, joka työnnetään virtsarakkoon. Virtsan kertymisen hoitoon kuuluu kuitenkin joskus pehmeiden putkien asettaminen suoraan munuaisiin. Useimmissa tapauksissa ylempien virtsateiden tukos vaatii putken, kun taas alaosan tukos vaatii katetrin.
Virtsan tyhjentäminen munuaisten sisältä on olennainen osa hydronefroosihoitoa, mutta se ei käsittele taustalla olevaa ongelmaa. Tukos on yleensä poistettava, muuten virtsa kerääntyy uudelleen ajan myötä. Kaikki tapaukset eivät vaadi leikkausta, mutta suurin osa vaatii.
Kuten tyhjennysprosessissa, hydronefroosin leikkauksen tyyppi riippuu tukoksen sijainnista. Hydronefroosihoito tukoksen poistamiseksi on kuitenkin välttämätöntä; jos se jätetään pitkäksi aikaa, tila voi aiheuttaa pysyviä munuaisvaurioita. Aiemmin käytettiin avointa tai laparoskooppista leikkaustekniikkaa, mutta endoskooppinen leikkaus on nykyään yleisempi tähän sairauteen ja on yleensä vähemmän invasiivinen.
Jos tukos johtuu virtsaputken kaventumisesta, joka on putki, joka kuljettaa virtsaa virtsarakkoon, tämän osan poistaminen voi olla tarpeen. Jos tila johtuu munuaiskivestä, myös poistaminen on usein tarpeen. Monet ihmiset toipuvat täysin hydronefroosileikkauksesta, kunhan sairaus havaitaan suhteellisen aikaisin.
Oikea hoito riippuu myös tilan vakavuudesta ja siitä, onko se krooninen vai akuutti. Jos tila on krooninen, mikä tarkoittaa, että se kehittyy hitaasti, hoito ei yleensä ole kiireellinen, mutta sen on tapahduttava jossain vaiheessa. Jos oireet ovat akuutteja, virtsan tyhjennys on ehkä suoritettava nopeammin, jotta estetään pitkäaikainen munuaisvaurio.