Hydroponisia järjestelmiä on kahdenlaisia. Yksi vaatii muun kasvualustan kuin maaperän käyttöä. Toinen käyttää ilmaa tai vettä kasvualustana jättäen juuret alttiiksi. Molemmat tyypit vaativat ravinteista vettä, jossa on liuenneita mineraaleja. Jokaisella järjestelmätyypillä on kolme ensisijaista muunnelmaa.
Kasvualustaa vaativat hydroponiset järjestelmät käyttävät yleensä tuotteita, kuten hiekkaa, soraa ja perliittiä, joka on vulkaanista materiaalia. Kasvien juuret kasvavat väliaineen läpi paljon kuin maaperän läpi. Ravintoliuos kulkee väliaineen läpi kasvien ravitsemiseksi. Muita yleisesti käytettyjä väliaineita ovat kivivilla, kookoskuitu ja vermikuliitti. Keskipitkän järjestelmän järjestelmästä on kolme muunnosta: sydän-, laskuvirtaus- ja tippujärjestelmä.
Wick -järjestelmä on yksinkertaisin hydroponinen järjestelmä. Kasvualusta on täynnä väliainetta. Alustan sisällä on erilaisia sydämiä, jotka toimittavat liuosta säiliöstä kasvualustalle. Happi on syötettävä vesisäiliöön ilmapumpun avulla. Kaikkien säiliötä käyttävissä järjestelmissä on käytettävä myös ilmapumppua, vesipumppua tai molempia veden hapettamiseen.
Ebu-and-flow-järjestelmä on toinen muunnelma. Kasvualusta on täynnä väliainetta. Vesipumppua käytetään liuoksen syöttämiseen väliaineeseen säiliöstä. Kasvualustan ylivuoto palauttaa liuoksen säiliöön. Pumppu on yleensä ajastimella.
Kolmas muunnelma on tiputusjärjestelmä. Tippakastelujärjestelmä toimittaa ratkaisun kasvien pohjaan. Kasvualusta täytetään jälleen väliaineella, tiputusputket asetetaan väliaineen päälle ja liuos tippuu alas väliaineen läpi. Viemäri asetetaan kasvualustan pohjaan. Ravintovedet palautetaan sitten säiliöön tai heitetään pois, jota kutsutaan ei-talteenottojärjestelmäksi.
Hydroponisilla järjestelmillä, jotka käyttävät ilmaa tai vettä kasvualustana, on myös kolme muunnelmaa: vesiviljely, ravintokalvo ja aeroponic. Näillä järjestelmillä on se etu, että niitä ei tarvitse vaihtaa tai ostaa. Näiden kahden järjestelmän haittana on, että juuret altistuvat ilmalle. Sähkökatko tai pumpun keskeytyminen voivat antaa juurien kuivua liikaa.
Ensimmäistä näistä hydroponisista järjestelmistä kutsutaan vesiviljelyksi. Säiliö on täynnä liuosta, ja ilmapumppu toimittaa happea liuokseen. Kelluva kasvualusta asetetaan liuoksen päälle ja juuret paljastetaan liuoksessa. Kasvualusta voidaan rakentaa mistä tahansa kelluvasta materiaalista. Kelluvaan lokeroon asetetaan reikiä, ja pienet korit tukevat kasveja.
Ravintokalvojärjestelmä käyttää ilmaa kasvualustana. Tämän järjestelmän kasvualusta voi olla suuri putki, kuten polyvinyylikloridiputki (PVC). Vesipumppu syöttää ravinneliuosta säiliöstä putken läpi ja takaisin säiliöön. Reiät leikataan kasvavan putken yläosaan ja kasvien juurien annetaan roikkua putken läpi virtaavaan liuokseen. Kasvualusta on ilmaa, joten vesipumpun keskeytyminen voi antaa juurien kuivua.
Aeroponinen järjestelmä on hydroponisten järjestelmien viimeinen muunnelma. Kasvualusta on jälleen ilmaa, ja sama haitta pumpun keskeytyksestä voi vahingoittaa juuria. Kasvualusta voi olla mikä tahansa, joka tukee kasvin säiliön yläpuolella niin, että juuret riippuvat ilmassa. Vesipumppu syöttää juurille hienon liuoksen sumua määrätyin aikavälein. Tässä järjestelmässä käytetään yleensä lyhyen jakson ajastinta.