Vaikka joukkoliikenteellä on etunsa, sillä on myös useita ongelmia. Monet julkisen liikenteen ajoneuvot ovat esimerkiksi tungosta, mikä voi helpottaa tautien leviämistä. Joukkoliikenteen käyttö voi myös olla joillekin epämukavaa tai hankalaa. Joillakin alueilla hallitukset voivat myös havaita, että julkisen liikenteen käyttö- ja ylläpitokustannukset ovat suuremmat kuin siitä saatavat tulot.
Monet uskovat, että yksi suurimmista julkisen liikenteen ongelmista on yksityisyyden puute. Jotkut uskovat, että bussit ja metro ovat yksinkertaisesti liian täynnä. Toisaalta henkilökohtaisessa ajoneuvossa tämä ei yleensä ole ongelma. Henkilö voi ajaa tai ajaa määränpäähänsä ilman, että muut ihmiset törmäävät tai yleisesti kiihottavat.
Mikrobit ovat toinen vakavimmista julkisen liikenteen ongelmista. Koska ihmiset ovat usein hyvin lähellä toisiaan, heillä on suurempi riski sairastua julkiseen liikenteeseen kuin henkilökohtaiseen ajoneuvoon. Esimerkiksi kylmä- ja influenssavirukset voivat tarttua ihmisestä toiseen joko suorassa kosketuksessa saastuneen pinnan kanssa tai ilmasta, esimerkiksi silloin, kun henkilö aivastaa. Käsien pesu tai käsidesin käyttö on suositeltavaa ennen julkisen liikenteen ajamista ja sen jälkeen.
Joillekin on myös melko epämukavaa olla yhteistyössä niin suljetulla alueella useiden muiden ihmisten kanssa. Tätä mukavuutta pidetään usein yhtenä julkisen liikenteen ongelmista. Lisäksi, jos bussi tai metro on liian viileä tai lämmin, lämmittimet tai ilmastointilaitteet voidaan kytkeä päälle henkilökohtaisessa ajoneuvossa. Henkilökohtaisen ajoneuvon käyttäminen sisältää myös ylellisyyttä kuunnella musiikkia tai uutisia radiosta työmatkan aikana.
Muiden julkisen liikenteen ongelmien ohella monet ihmiset eivät käytä julkista liikennettä, koska se on heille hankalaa. Monet julkisen liikenteen ajoneuvot kulkevat tiukkojen aikataulujen mukaan, eivätkä nämä pysähdysajat aina vastaa henkilön aikataulua. Lisäksi jos bussi tai juna on myöhässä, myös kaikki matkustajat myöhästyvät. Kun kuljettaja käyttää henkilökohtaista ajoneuvoa kuljetukseen, kuljettaja hallitsee missä ja milloin hän menee jonnekin.
Eräiden paikallishallintojen yksi suurimmista julkisen liikenteen ongelmista on näiden järjestelmien käyttö- ja ylläpitokustannukset. Jotkut näistä kustannuksista sisältävät polttoaineen, kuljettajan palkan ja ajoneuvojen huollon. Alueilla, joilla on pieni väestö, matkustajien tulot eivät välttämättä aina riitä kattamaan näitä kuluja. Valtion rahaa tarvitaan usein eron kattamiseen.