Käyttäytymisen muokkausohjelmat poistavat huonokuntoiset käyttäytymiset ja korvaavat ne mukautuvilla. Käyttäytymistutkimuksessa huonokykyinen käyttäytyminen on sellainen, joka estää ihmistä sopeutumasta ympäristöön tai ärsykkeeseen. Näiden käyttäytymisten korvaaminen adaptiivisilla käytöksillä antaa henkilölle mahdollisuuden toimia olosuhteissa, jotka muuten aiheuttaisivat emotionaalisen romahduksen. Käyttäytymisen muuttamisohjelmia käytetään usein osana jatkuvaa hoitoa ihmisille, joilla on käyttäytymis- tai emotionaalisia häiriöitä, kuten autismi.
Useimmat käyttäytymisen muokkausohjelmat ovat tavoitteellisia. Potilasta ja useimmissa tapauksissa potilaan hoitajia pyydetään pohtimaan, mikä on huonovointinen käyttäytyminen ja mikä on kohteen korvaava käyttäytyminen tai tavoite. Kun tavoite oli määritetty, potilasta avustava tiimi päättää, miten tavoite saavutetaan ja miten menestystä mitataan. Menestyksen mittaaminen on olennainen osa käyttäytymisen muuttamisohjelmia, koska sen avulla potilas voi nähdä parannuksen.
Positiivinen vahvistus on ensisijainen väline, jonka kautta pysyvä muutos vaikuttaa useimpiin käyttäytymismuutosohjelmiin. Hoidossa oleva henkilö saa positiivista vahvistusta, kuten palkkion, etuoikeuden tai kiitoksen, kun kohdekäyttäytyminen suoritetaan. Myös käyttäytymisen muokkausohjelmissa on negatiivinen osa. Nykyaikaisissa ohjelmissa negatiivinen ehto on positiivisen vahvistuksen puute. Rangaistusta huonosta adaptiivisesta käyttäytymisestä käytetään harvoin nykyaikaisissa käyttäytymismuutosohjelmissa.
Vaikka monet käyttäytymisen muokkausohjelmat on suunniteltu ja toteutettu yksilöille, on myös joitain ohjelmia, jotka kohtelevat ihmisiä ryhmissä. Ryhmäohjelmia käytetään yleisesti sellaisten teini -ikäisten hoitoon, joilla on huonokuntoisia käyttäytymismalleja, joista vanhemmat voivat tuntea olevansa hukkua. Jäykkää rakennetta, selkeitä seurauksia ja palkintoja käytetään auttamaan teini -ikäisiä saavuttamaan tavoiteltu käyttäytyminen. Tämäntyyppiset ohjelmat eivät sovellu vakavasti vammaisille lapsille, jotka tarvitsevat vuorovaikutusta käyttäytymisen muuttamiseksi.
Yksi muunnelma perinteisestä käyttäytymismuutosohjelmasta tunnetaan kognitiivisena käyttäytymisterapiana. Tämä käytäntö yhdistää kognitiivisen terapian ehdotuksen, jonka mukaan huonon mukautuvan käyttäytymisen lähde on väärä ajattelumalli, ja käyttäytymisen muuttamisidean, jonka mukaan nämä huonokykyiset mallit voidaan korvata potilaan hyötyillä. Tämäntyyppinen hoito suoritetaan psykiatrin valvonnassa, eikä se välttämättä sovi kaikentyyppisille potilaille. Sitä käytetään yleisesti ahdistuksen, pakko-oireisen häiriön ja masennuksen hoitoon, yleensä aikuisilla, jotka pystyvät paremmin analysoimaan omia ajatusmallejaan.