Kaikki kylpytynnyrit on puhdistettava ja suojattava bakteereilta ja homeelta; useimmiten syövyttäviä kemikaaleja käytetään tämän tehtävän suorittamiseen, ja jotkut näistä kemikaaleista voivat ärsyttää ihoa ja silmiä tai aiheuttaa muita terveysongelmia. Luonnolliset kylpytynnyrit ratkaisevat tämän ongelman pitämällä porealtaan puhtaana ja bakteerittomana käyttämällä luonnollisia ainesosia synteettisten tai syövyttävien kemikaalien sijasta. Vaikka kemikaaleja, kuten klooria ja bromia, käytetään usein kylpyammeiden puhtaana pitämiseen, luonnollinen kylpytynnyrituote, joka on vaihtoehto näille kemikaaleille, on porealtaan hopea, joka on luonnollinen mineraalineste.
Kylpytynnyrin omistaminen tarkoittaa, että kylpyammeen pH -tasoa on säädettävä; pH -taso on mitta siitä, kuinka hapan tai emäksinen vesi kylpyammeessa on. Saatavilla on luonnollisia kylpytynnyrituotteita pH -tason säätämiseksi turvallisesti säätämällä veden emäksisyyttä. Ne korvaavat spa-up-tuotteet, jotka nostavat emäksisyyden tasoa ylöspäin, ja spa-down-tuotteet, jotka säätävät alkalisuutta alaspäin. Luonnollisen kylpytynnyrin vaihtoehtona spa-upille voidaan käyttää ruokasoodaa sisältäviä tuotteita muiden syövyttävien ja mahdollisesti myrkyllisten kemikaalien sijaan. Kylpyveden korvaamiseksi C-vitamiini voi tehdä työn.
Monet luonnolliset kylpytynnyrit puhdistavat ja desinfioivat merileväentsyymejä kloorin ja bromin sijaan. Tällaiset entsyymit katalysoivat kemiallisia reaktioita, ja porealtaissa merileväentsyymit houkuttelevat öljyjä ja muita jätteitä kylpyammeeseen. Sitten entsyymi auttaa liuottamaan tällaisia tuotteita, pääasiassa puhdistamaan kylpyammeen. Se myös estää mineraalien kertymisen kylpyammeeseen, jättäen kylpyammeen sivut puhtaammiksi ja hygieenisemmiksi. Merileväentsyymit ovat myrkyttömiä, joten ne ovat turvallisia koskettaa eivätkä aiheuta kutinaa, polttamista tai ihon kuivumista kuten muut kemialliset tuotteet.
Jos kylpytynnyri sisälsi tuotteita, jotka eivät olleet luonnollisia, ja omistaja on päättänyt siirtyä luonnollisiin kylpytynnyrituotteisiin, vesijärjestelmä on puhdistettava. Kemikaaleja, erityisesti bromia, kerääntyy suodattimiin ja putkiin koko kylpyammeessa, mikä tarkoittaa, että kun kylpyamme täytetään uudelleen ja luonnolliset kylpytynnyrit asetetaan veteen, myrkyllisiä kemikaaleja saattaa edelleen esiintyä. Myrkyttömiä ja luonnollisia kylpyläpuhdistustuotteita voidaan käyttää putkien ja suodattimien puhdistamiseen bromista ja kloorista, mikä varmistaa, että vesi on puhdas myrkyllisistä kemikaaleista, kun luonnollisia kylpylätuotteita ja hoitoja lisätään veteen. Tämän suorittaminen voi kestää useamman kuin yhden puhdistuksen.