On kymmeniä malarialääkkeitä, joista jokaisella on erilaisia sivuvaikutuksia, tehokkuutta ja turvallisuusongelmia. Näitä lääkkeitä käytetään yleisesti sekä malarian hoitoon että ehkäisyyn, joka on mahdollisesti tappava, hyttysten välittämä tauti. Malarone® on malariatabletti, joka sisältää atovakvonin ja proguaniilin yhdistelmän, mutta se on kallis verrattuna muihin tabletteihin. Kiniini on yleensä vähemmän tehokas, mutta sitä käytetään usein alueilla, joilla malaria on kehittynyt vastustuskykyiseksi muille malariatabletteille. Klorokiini on yksi testatuimmista, turvallisimmista ja edullisimmista saatavilla olevista malariatabletteista, mutta se on poistumassa käytöstä lisääntyneen resistenssin vuoksi.
Malarone® on saatavana sekä aikuisille että lapsille annoksina, ja lapsiannokset ovat noin neljäsosa aikuisten annoksista. Aikuisten annokset voivat hoitaa ja ehkäistä malariaa, mutta sitä ei suositella vakavan malarian hoitoon. Lapsikokoisia annoksia käytetään vain malarian ehkäisyyn, eikä niitä voida käyttää alle 22 kilon painoisille lapsille. Tämä lääkitys imeytyy parhaiten rasvaisen aterian yhteydessä, ja se on yleensä otettava kerran päivässä kolmen päivän ajan. Malarone®: n sivuvaikutuksia voivat olla päänsärky, vatsakipu ja lievä unettomuus.
Kiniini -nimisiä malariatabletteja ei käytetä malarian estämiseen, mutta ne ovat erittäin tehokkaita joidenkin sairaustyyppien hoidossa. Se oli ensimmäinen lääke, jolla onnistuneesti hoidettiin Plasmodium falciparum, yksi vaarallisimmista malarian muodoista. Nyt on olemassa malariatabletteja, jotka ovat tehokkaampia kuin kiniini, joten se ei ole enää taudin ensilinjan puolustus. Malarian hoidon lisäksi joissakin tilanteissa sitä käytetään säännöllisesti niveltulehduksen ja lupuksen hoitoon. Vaikka se tulee tabletin muodossa, se voidaan antaa myös laskimoon (IV).
Klorokiini on toinen malarialääke, jota voidaan antaa sekä lapsille että aikuisille, mutta toisin kuin Malarone®, sama annos klorokiinia annetaan potilaan iästä riippumatta. Yhdessä vaiheessa tämä lääkitys oli yleisimmin käytetty lääke sekä malarian hoitoon että ehkäisyyn. Kuten kiniini, lääke voi heikentää immuunijärjestelmää jonkin verran, ja siksi sitä käytetään myös joidenkin niveltulehduksen ja lupuksen muotojen hoitoon. Vastustuskyky klorokiinille kehittyi hitaasti, mutta jotkut malariakannat ovat niin vastustuskykyisiä, että lääkkeen käyttö vähenee muiden malariatablettien hyväksi. Klorokiinin sivuvaikutuksiin voi kuulua päänsärkyä ja painajaisia, mutta kutina on ylivoimaisesti yleisin sivuvaikutus, etenkin joissakin kilpailuissa.