Malarian ehkäisyä on monia erilaisia. Vaikka kiniini oli tavanomainen ennaltaehkäisevä toimenpide satoja vuosia, useita helposti saatavilla olevia malarialääkkeitä on tullut markkinoille viimeisen puolen vuosisadan aikana. Vaikka näillä lääkkeillä on sama tarkoitus, jokaisella on erilaiset käyttöohjeet ja ainutlaatuiset sivuvaikutukset. Koska kaikki malarialääkkeet eivät ole koskaan 100% tehokkaita, malariaan matkustavan henkilön on ryhdyttävä tiettyihin järkeviin toimenpiteisiin suojellakseen itseään.
Matkustajan täytyy kouluttaa itseään monista malarian ehkäisymuotoista neljästä syystä. Ensimmäinen on se, että joillakin malarialääkkeillä on haitallisia vuorovaikutuksia muiden lääkkeiden kanssa. Toiseksi kaikilla lääkkeillä on sivuvaikutuksia, jotka voivat vahingoittaa yksilöitä, joilla on tiettyjä ennaltaehkäiseviä sairauksia, ja kolmanneksi lääke voi suojata vain yhtä malariatyyppiä vastaan. Lopuksi henkilö voi haluta valita lääkkeen, jolla on vähemmän kokonaisannoksia, jotta lääkityksen ottaminen ei aiheuta haittaa. Nämä seikat huomioon ottaen yksilö voi valita sopivan muodon malarian ehkäisyyn.
Primakiini on tehokkain lääke P. vivaxin, yhden taudin neljästä päätyypistä, aiheuttaman malarian ehkäisyyn. Annos on päivittäinen, ja henkilö voi odottaa kaksi päivää ennen matkaansa aloittaakseen lääkityksen ottamisen. Kotiin palattuaan hänen on jatkettava lääkitystä viikon ajan. Primakiinin haittapuoli on, että yksilö on testattava glukoosi-6-fosfataasin puutteen varalta ennen kuin lääkäri määrää lääkkeen. Ne, joilla on positiivinen puutos, ja raskaana olevat naiset eivät voi ottaa lääkitystä.
Meflokiini on malarian ehkäisymuoto, joka suojaa kaikilta malarian muodoilta. Turvallinen raskaana oleville naisille, se otetaan viikoittain ja siten hyvä pitkille matkoille. Yksilön on aloitettava lääkitys kaksi viikkoa ennen matkaa ja lopetettava vasta neljä viikkoa kotiin tulon jälkeen. Koska malaria tietyillä alueilla maailmassa on meflokiiniresistentti, tarvitaan toinen lääkitys. Lopuksi ne, joilla on tiettyjä sydän- ja psyykkisiä sairauksia, eivät voi ottaa meflokiinia.
Doksisykliini on halvin malarian ehkäisymuoto. Toissijainen etu on, että lääkitys voi estää muita infektioita. Se on päivittäinen lääkitys, ja vaikka henkilö voi odottaa kaksi päivää ennen matkan aloittamista, lääkityksen ottaminen neljän viikon ajan kotiinpaluun jälkeen on välttämätöntä. Raskaana olevat naiset ja alle 8 -vuotiaat lapset eivät voi käyttää doksisykliiniä.
Sen lisäksi, että hän kuulee lääkäriä oikean malarialääkityksen valinnassa, hän voi ryhtyä järkeviin toimenpiteisiin suojautuakseen malarialta. Koska malaria tarttuu hyttysten välityksellä, pitkät hihat ja housut sekä runsas määrä bug -suihketta ovat hyviä ensimmäisiä puolustuslinjoja. Hyttysverkon alla nukkuminen suojaa ja takaa paremman yöunen. Yhdessä nämä ehkäisymenetelmät vähentävät mahdollisuuksia saada malaria käytännössä nollaan.