Melatoniini on kemikaali, jota esiintyy luonnollisesti aivoissa, mutta sitä valmistetaan myös lisäaineena, jota käytetään unen apuna ja hoitona vuorokausirytmin ongelmille. Tämä lisäosa on yleensä hyvin siedetty useimpien ihmisten keskuudessa, mutta negatiivisten melatoniinin vuorovaikutusten mahdollisuus joidenkin lääkkeiden kanssa on mahdollista. Nämä vuorovaikutukset voivat muuttaa tapaa, jolla nämä lääkkeet vaikuttavat kehoon, joten jokaisen, joka ottaa melatoniinia toisen lääkkeen kanssa, tulisi olla tietoinen näistä mahdollisista melatoniinin yhteisvaikutuksista.
Verenpainelääkkeet, kuten klonidiini, voivat olla vähemmän tehokkaita potilaille, jotka käyttävät myös melatoniinia. Verenpaineen säätelyyn käytettävät kalsiumkanavan salpaajat voivat vähentää aivoihin tulevan melatoniinin määrää. Verenpaineeseen käytettävät beetasalpaajat eivät ehkä vaikuta melatoniinilisiin, mutta ne voivat alentaa kehon tuottamaa melatoniinitasoa.
Melatoniini voi vaikuttaa haitallisesti immuunijärjestelmän vasteiden vähentämiseen käytettäviin steroidilääkkeisiin. Erityisesti melatoniinin vuorovaikutus kortikosteroidien kanssa voi aiheuttaa niiden lakkaamisen. Myös muut tulehdusreaktion välittämiseen käytettävät lääkkeet, kuten ei-steroidiset tulehduskipulääkkeet (NSAID), kuten ibuprofeeni, voivat vaikuttaa. Nämä lääkkeet voivat vähentää tämän lisäaineen tehokkuutta alentamalla sen plasmatasoja.
Vakavia melatoniinin yhteisvaikutuksia joidenkin masennuslääkkeiden kanssa on raportoitu. Masennuslääkkeet lisäävät jo luonnollista melatoniinitasoa, joten tämän lisäaineen lisääminen voi aiheuttaa yliannostuksen kaltaisia oireita. Näitä oireita voivat olla sekavuus, muistin menetys, äärimmäinen uneliaisuus ja hengitysvaikeudet. Kaikki masennuslääkkeet eivät voi aiheuttaa näitä oireita, mutta lääkärin kuuleminen ennen niiden sekoittamista melatoniiniin voi auttaa estämään vaarallisia komplikaatioita.
Antikoagulanttien ottaminen tämän lisäaineen kanssa voi myös luoda haitallisia melatoniinin vuorovaikutuksia. Melatoniini estää verihyytymien muodostumista, joten sen sekoittaminen antikoagulanttien, kuten varfariinin kanssa, voi merkittävästi estää hyytymistä kehon leikkaamisen jälkeen. Näiden kahden yhdistelmällä voi siten olla vaarallisia tuloksia.
Tämän lisäaineen sekoittaminen insuliinin ja muiden diabeteslääkkeiden kanssa voi johtaa vaarallisiin seurauksiin. Normaalisti melatoniini vaikuttaa verensokerin nousuun. Siksi se pyrkii toimimaan diabeteslääkkeitä vastaan, jotka vähentävät sokeripitoisuutta. Äärimmäisissä tapauksissa melatoniini voi estää näiden lääkkeiden toiminnan.
Tutkimukset ovat osoittaneet mahdollisen vuorovaikutuksen melatoniinin ja joidenkin psykoosilääkkeiden välillä. Antipsykootit voivat jonkin ajan kuluttua luoda tardiivina dyskinesiana tunnetun tilan. Tämä tila johtaa toistuviin kasvojen ja suun liikkeisiin, etenkin huulien naarmuuntumisen ja kielen liikkeiden muodossa. Yhdessä tutkimuksessa yksilöillä oli vähentynyt taipumus harjoittaa tällaista käyttäytymistä melatoniinin ottamisen jälkeen, vaikka vaikutus oli vain väliaikainen.