Salaperäisen kirjoittamisen laajalla genrellä on useita alalajeja, joilla on ainutlaatuisia ja itsenäisiä piirteitä. Kaikki mysteerilajit jakavat ainakin perustavanlaatuisen osittaisen käsityksen siitä, mitä tarinassa tapahtuu, niin että koko tarina on löydettävä kirjan aikana. Jotkut mysteerityypit voidaan jakaa ongelmatyypin mukaan, toiset asetusten mukaan ja toiset ongelman ratkaisijoiden mukaan. On myös tiettyjä alalajeja, jotka toimivat yhdistämällä mysteerilaji toiseen genreen, kuten romantiikkaan. Joskus on kirjoja, jotka uhmaavat lajityyppiä, mutta kun niistä tulee suosittuja ja usein toistuvia juonia, ne, jotka kerran ovat tyylilajittomia kirjoja, tulevat myös omiksi genreikseen.
Yksi parhaista tavoista luokitella mysteerilajeja on tapauksen ratkaisevan etsivän tyyppi. Esimerkiksi yksityisetsivät romaanit ovat suosittu mysteeri -alalaji, samoin kuin amatööri -tutkijaromaanit. Jotkut ihmiset määrittelevät rikoksen ratkaisevan henkilön sukupuolen lajityypiksi. Jotenkin nämä luokat tarkoittavat luonnollisesti asetuksia, mutta romaanisarjoissa rikoksentekijä yleensä matkustaa ympäri tarjotakseen uusia haasteita.
Ajan ja paikan, jossa mysteeri tapahtuu, voidaan myös ajatella alalajin lopullisena. Esimerkiksi historialliset mysteeriromaanit ovat yksi suosituimmista mysteerilajeista. Viihtyisät mysteerit, jotka ovat hyvin määritelty romaanityyppi, määritellään sekä naispäähenkilön että pikkukaupungin ympäristössä. Kaukaisen tulevaisuuden salaperäiset tarinat ovat usein tieteiskirjallisuuden salaisuuksia, vaikka tarinan tieteiskirjalliset elementit usein varjostavat mysteerielementtejä määrittäessään kirjan tyylilajia.
Vaikka kaikki salaperäiset tarinat eivät sisällä rikosta siinä mielessä, että ongelma oli lain vastainen, useimpiin liittyy jonkinlainen ongelma, jota käsitellään rikoksena. Esimerkiksi murhamysteerejä ja kapriksetarinoita pidetään yleisesti genreinä. Joissakin tapauksissa itse rikos ei välttämättä ole lainvastainen, kuten monien lasten mysteereihin liittyvien mysteerien tapauksessa. Lainattu lelu tai kadonnut koira voi olla rikos lasten mysteerissä, mutta romaaneissa olevat lapsitutkijat ratkaisevat yhtä usein suuria rikoksia, jotka tuhoavat paikallisia lainviranomaisia.
Lopuksi monet mysteerityypit jakautuvat tyyliin, jolla tarina kerrotaan. Kovaksi keitetyt etsiväromaanit, joita yleisesti pidetään noir-tarinoina, kerrotaan aivan eri tavalla kuin historialliset romantiikan mysteerit. Eri kulttuureilla on myös erilaisia käytäntöjä mysteeriromaaneille, ja englantilaiset ja japanilaiset mysteerilajit ovat hieman erilaisia. Monissa tapauksissa salaperäinen tarina ylittää monia tyylilajeja, ja on keksittävä uusia termejä selviytyäkseen tyylilajia uhkaavista tarinoista.