Kirjanpitojärjestelmät määrittelevät, miten yritys kirjaa taloustoimet kirjanpitoon. On hyvin harvoja pääkirjajärjestelmiä, joista yritys voi valita ja käyttää tehokkaasti. Järjestelmän ensimmäinen osa on kaksoiskirjaus, joka on kaikkien lehtien ja pääkirjojen perusta. Tämän järjestelmän ulkopuoliset tapahtumat sisältävät kassaperusteisen ja suoriteperusteisen kirjanpidon, järjestelmät, joista yritys valitsee ja jotka määrittelevät tapahtumien kirjaamisen. Omistajat, johtajat ja ylemmän tason kirjanpitäjät ovat tyypillisesti vaikutusvaltaisia päätöksentekijöitä tässä prosessissa.
Kaksinkertainen kirjanpito on itsetasapainottava kirjanpitoprosessi, joka auttaa yritystä hallitsemaan kirjanpitoaan. Näiden kirjanpitojärjestelmien mukaan kirjanpitoyhtälön tasapainottamiseen tarvitaan kaksi merkintää: varat vastaavat velat plus oma pääoma. Jokaisen merkinnän on tasapainotettava yhtälö, jotta yrityksen kirjanpito tasapainottaa ja säilyttää järjestyksen. Tämä ei tarkoita sitä, että yrityksen kirjanpitokirja ei koskaan ole tasapainossa; järjestelmä auttaa tukemaan asianmukaista toimintaa. Yritys voi käyttää toista järjestelmää, vaikka se on erittäin harvinaista.
Toinen pääkirjajärjestelmien osa on prosessi, jolla yritys kirjaa tapahtumansa. Kaksi pääjärjestelmää ovat kassaperusteinen ja suoriteperusteinen kirjanpito. Kassapohjaisen järjestelmän mukaan yritys kirjaa tapahtumat aina, kun käteinen vaihtaa tapahtuman aikana omistajaa. Esimerkiksi yritys ostaa varaston käteisellä, ja kirjanpitäjä kirjaa tämän tapahtuman kirjanpitoon käteisenä. Kuukauden lopussa yrityksen pääkirjan tapahtumien tulisi heijastaa sen pankkitiliotteeseen kuuluvia tapahtumia ja luoda tasapaino kaikelle toiminnalle, joka johtaa tarkkaan taloudelliseen raportointiin.
Suoriteperusteinen kirjanpito on suosituin kahdesta kirjanpitojärjestelmästä kaksinkertaisen kirjanpidon sateenvarjon alla. Lyhyesti sanottuna suoriteperusteinen kirjanpito on kassaperusteisen kirjanpidon vastakohta; tapahtumat kirjataan kirjanpitoon sellaisina kuin ne tapahtuvat. Aina kun yritys tekee liiketoimen, joka vaikuttaa yrityksen kirjanpitojärjestelmään, sen on kirjattava kirjanpitoon. Käteisen ei tarvitse vaihtaa omistajaa, jotta nämä tapahtumat näkyvät yrityksen kirjanpidossa. Suoriteperusteinen kirjanpito on tarkempaa, johtaa parempaan raportointiin ja luo raportteja, jotka heijastavat yrityksen todellista toimintaa.
Liiketoimintaympäristössä voi olla muitakin kirjanpitojärjestelmiä. Yritykset voivat esimerkiksi luoda hybridimenetelmän, joka yhdistää molempien järjestelmien ominaisuudet. Sen on kuitenkin täytettävä kansalliset kirjanpitostandardit tietojen pitämiseksi täsmällisesti ja asianmukaisesti.