On olemassa monia sairauksia, jotka voivat vaikuttaa negatiivisesti pernaan, tyypillisesti aiheuttaen sen laajentumisen, mikä tunnetaan splenomegaliana. Erilaiset infektiot, mukaan lukien bakteeri-, virus- ja loistaudit, ovat usein pernan laajentumisen syitä. Toinen yleisimmistä pernasairauksista on sirppisolusairaus, joka voi aiheuttaa splenomegaliaa ja aspleniaa, jolloin elin lakkaa toimimasta kunnolla. Tietyt syöpätyypit voivat myös johtaa pernan ongelmiin. Siellä voi myös muodostua kystat ja kasvaimet, mikä voi johtaa laajentumiseen ja ongelmiin oikein.
Monista infektiotyypeistä voi tulla pernasairauksia, mikä johtaa elimen laajentumiseen. Yksi yleinen virus, joka vaikuttaa pernaan, on Epstein-Barr-virus, joka aiheuttaa mononukleoosia; tämä virus voi aiheuttaa splenomegaliaa ja tehdä pernan repeämisen todennäköisemmäksi. Toinen virus, joka voi suurentaa elintä, on hepatiitti. Loistartunnan aiheuttama malaria voi myös vaikuttaa negatiivisesti pernaan. Jotkut bakteeri -infektiot, kuten luomistauti tai bakteeri -endokardiitti, voivat myös olla syyllisiä.
Tilanne, joka on usein vaikea pernaan, on sirppisolusairaus. Yksi pernan tärkeimmistä tehtävistä on puhdistaa vaurioituneet solut verestä. Tämän häiriön yhteydessä punasolut rikkoutuvat helposti ja perna voi suurentua ja ylikuormittua poistamalla ylimääräiset roskat verenkierrosta, etenkin sairauden akuuttien hyökkäysten aikana. Jotkut muut pernasairaudet, jotka voivat aiheuttaa ongelmia epänormaalin muotoisten verisolujen vuoksi, ovat perinnölliset sairaudet sferosytoosi ja elliptosytoosi. Se voi myös olla seurausta hemolyyttisestä anemiasta, häiriöstä, jossa kehon punasolut hajoavat ja kuolevat epänormaalisti.
Joitakin syöpiä voidaan pitää myös pernasairauksina, koska ne voivat johtaa splenomegaliaan. Esimerkiksi leukemia, joka johtaa merkittävästi kehittyneiden tai epänormaalien verisolujen lisääntymiseen kehossa, voi aiheuttaa pernan suurentumisen, kun se yrittää käsitellä verta. Tietyt lymfoomat voivat vaikuttaa negatiivisesti myös pernaan.
Perna voi myös laajentua tai saada toimintahäiriöitä, jos erilaiset kasvut vaikuttavat siihen. Kasvaimia voi muodostua pernaan; ne voivat olla hyvänlaatuisia tyyppejä, kuten hemangioomia, tai syöpätyyppejä, kuten hemangiosarkoomia. Elin voi myös kehittää kystat. Joskus tulehdussolmuja, joita kutsutaan granuloomiksi, voi muodostua siellä sarkoidoosiksi kutsutun tilan vuoksi.