Monet erityisesti suunnitellut polkupyörän korjaustyökalut on kehitetty palvelemaan tiettyjä pyörän osia. Vaikka monet korjaukset voidaan tehdä kuusiokoloavaimella ja ruuvimeisselillä, muut korjaukset edellyttävät erityisesti suunniteltuja työkaluja, eikä niitä voida tehdä onnistuneesti ilman niitä. Yleisimpiä polkupyörän korjaustyökaluja ovat rengasvivut, jotka auttavat pyöräilijää työntämään renkaan pois vanteelta vaihtaakseen puhkeavan letkun tai vaihtamaan renkaan. Nämä vivut ovat useimmissa tapauksissa muovia vanteen vahingoittumisen välttämiseksi, vaikka metallivipuja on myös saatavana. Nämä voivat kuitenkin vahingoittaa vannetta, eikä niitä suositella useimmille polkupyöräsovelluksille.
Muita polkupyörän korjaustyökaluja ovat puola -avaimet, tukijalat ja nänne. Näitä työkaluja käytetään polkupyörän pyörien rakentamiseen ja ylläpitoon. Tukijalka antaa henkilölle mahdollisuuden mitata, kuinka suora ja pyöreä pyörä on milloin tahansa, ja puola -avaimet mahdollistavat henkilön kiristämisen tai löystymisen, jos pyörä tarvitsee säätöä. Nänniholkki on erityisesti suunniteltu työkalu, joka auttaa henkilöä asentamaan uudet puolan nännit nopeasti ja helposti. Pyörien rakentaminen on monimutkainen tehtävä, joka vaatii huomattavia taitoja ja harjoittelua, eikä sitä voida tehdä hyvin tai ollenkaan ilman näitä polkupyörän korjaustyökaluja.
Kartio -avaimet ovat erittäin ohuita jakoavaimia, joita käytetään polkupyörän pyörien navojen säätämiseen. Avaimet ovat litteät, jotta henkilö voi työntää jakoavaimen erittäin ahtaisiin kohtiin; pyörän mutterit ja kartiot-jotka painavat navan sisällä olevia laakereita-kiristetään toisiaan vasten, joten voi olla vaikeaa saada hyvä pito näistä ohuista muttereista. Kartioavaimet helpottavat tätä prosessia paljon.
Kuulokkeen kuppipuristin on laite, jolla puristetaan langattomat laakerikupit polkupyörän pääputkeen. Pääputki on rungon osa, jonka läpi polkupyörän haarukka liukuu ja kiinnitetään varteen, joka puolestaan on kiinnitetty ohjaustankoon. Puristin on kierretty ja painaa kuppeja, kun käyttäjä pujottaa kahvan alas yhä pidemmälle.
Muita polkupyörän korjaustyökaluja ovat vaihtajan ripustimen kohdistusmittari, kasettilukon rengastyökalut, alakiinnikkeiden vetimet, kammenpoistimet ja monet muut erityisesti suunnitellut työkalut. Ripustimen kohdistusmittarin avulla henkilö voi suoristaa rungon osan, johon takavaihtaja on kiinnitetty, jos se taipuu. Kasettilukon rengastyökalujen avulla käyttäjä voi irrottaa hammaspyörien takaosan. Pohjakiinnikkeen vetimien avulla käyttäjä voi poistaa tai asentaa alakiinnikkeen, joka on laakerisarja rungon alaosassa. Tämän työkalun käyttämiseksi polkupyörän kammet on irrotettava kampiakselilla.