Yksi yleisimmistä ruoansulatusjärjestelmän puhdistusmenetelmistä on paasto useiden tuntien tai muutaman päivän ajan. Joitakin aineita, kuten aktiivihiiltä, voidaan myös niellä imeäkseen toksiineja ja muita haitallisia aineita ruoansulatuskanavasta. Peräruiskeet ja paksusuolen vesiterapiatoimenpiteet ovat myös erittäin tehokkaita ruoansulatuskanavan alaosan puhdistamiseen. Yksi tehokkaimmista tavoista pitää ruoansulatuskanava puhtaana ja asianmukaisessa toimintakunnossa on kuitenkin syödä terveellisesti tasapainoista ruokavaliota, joka sisältää runsaasti kuitua.
Kiinteiden elintarvikkeiden poistaminen ruokavaliosta tai paastoaminen on usein yksi suosituimmista tavoista puhdistaa ruoansulatuskanava. Kiinteän jätteen puuttuminen ruoansulatuskanavasta oletettavasti sallii kehon huuhdella pois sinne kertyneet toksiinit. Paastoa pitkiä aikoja ei kuitenkaan yleensä suositella, ja useimmat ihmiset paastoavat yleensä enintään 12–24 tuntia. Yritä paastota pidempään kuin muutama päivä voi olla vaarallista.
Paastoamisen aikana henkilöä yleensä kehotetaan pysymään nesteytettynä juomavedellä. Hedelmämehua nopeasti voidaan kuitenkin käyttää myös ruoansulatusjärjestelmän puhdistamiseen. Tämän tyyppisen paaston aikana ihminen yleensä juo vain vettä ja hedelmämehuja.
Aktiivihiili- ja bentoniittisavitabletteja voidaan käyttää myös ruoansulatuskanavan puhdistamiseen. Nieltynä nämä yhdisteet voivat imeä myrkkyjä, kuten raskasmetalleja ja torjunta-aineita, ja vaarallisia mikro-organismeja, joita on ruoansulatuskanavassa. Nämä sitten poistuvat kehosta ulosteissa. Molemmat näistä yhdisteistä voivat kuitenkin aiheuttaa joitain sivuvaikutuksia, mukaan lukien ummetus.
Peräruiskeet ja paksusuolen vesiterapiamenettelyt ovat muita ruuansulatuskanavan puhdistusmenetelmiä. Näitä menetelmiä käytetään kuitenkin yleensä vain ruoansulatuskanavan alaosan puhdistamiseen. Peräruiskeeseen kuuluu yleensä lämpimän veden puristaminen peräsuoleen. Tämä auttaa poistamaan myrkkyjä ja kovettuneita ulosteita kehosta.
Paksusuolen vesiterapiaa kutsutaan joskus paksusuolen kasteluksi. Tämä toimenpide sisältää yleensä steriilin letkun asettamisen peräsuoleen ja alemman suolen huuhtelun lämpimällä vedellä. Toisin kuin peräruiske, joka puhdistaa vain alemman suolen alaosan, paksusuolen vesiterapia puhdistaa tyypillisesti koko alaosan.
Tehokkain tapa puhdistaa ruoansulatuskanava ja estää myrkkyjen kertyminen sisältää kuitenkin terveellisen tasapainoisen ruokavalion. Rasvaisia ruokia ja puhdistettuja sokereita ei tule syödä tai ainakin syödä kohtuudella. Ihmisen tulisi myös olla varma, että hän saa riittävästi kuitua, joka on välttämätöntä terveelle ruoansulatusjärjestelmälle ja säännöllisille suoliston liikkeille. Luonnollisia kuitulähteitä ovat vihannekset, hedelmät ja täysjyvät.