Syitä ruokamyrkytykseen on niin monia, että lääketiede ei ole tunnistanut niitä kaikkia. Suurin osa elintarvikkeiden aiheuttamista sairauksista johtuu kuitenkin bakteereista tai viruksista. Bakteerit viihtyvät elottomissa aineissa, kun taas virukset tarvitsevat elävän isännän ollakseen olemassa. Virusten ja bakteerien ruokamyrkytyksen syillä on monia erilaisia saastumismenetelmiä.
Bakteereja voi jäädä hedelmien ja vihannesten pinnalle. Jos tuotetta ei pestä tai käsitellä kunnolla, bakteerit voivat niellä ja aiheuttaa ruokamyrkytyksen. Säilykkeet hedelmät ja vihannekset voivat olla yksi vakavimmista ruokamyrkytyksen syistä, jos tuotetta käsitellään väärin. Clostridium botulinum on bakteeri, joka tuottaa myrkkyä, joka voi aiheuttaa vakavia sairauksia ja kuoleman. Pullistuvat tölkit tai kannet ovat merkkejä siitä, että tuote on säilötyt väärin. Näiden elintarvikkeiden syöminen voi johtaa kuolemaan botulismin myrkytyksestä.
Useimmat ruokamyrkytyksen syyt eivät aiheuta niin vakavia vaikutuksia. Flunssan kaltaiset oireet ja suolisto-ongelmat, jotka häviävät yhdessä tai kahdessa päivässä, ovat yleisempiä. Ruokamyrkytyksen oireet voidaan joskus sekoittaa flunssaan. Vatsakrampit, pahoinvointi ja oksentelu ovat yleisiä oireita.
Ruokamyrkytyksen virustapaukset johtuvat yleensä ulosteiden saastumisesta. Jos kokit ja ruoan valmistajat eivät pese käsiään kunnolla kylpyhuoneen käytön jälkeen, seurauksena voi olla saastuminen ja ruokamyrkytys. Tämäntyyppinen ruokamyrkytys voi vaikuttaa kokonaisiin laitoksiin, kuten lasten päivähoitoon ja kouluun. Simpukoiden ulosteet ovat toinen viruksen aiheuttama ruokamyrkytyksen syy.
Ruoka, joka ei ole täysin kypsennetty, voi myös aiheuttaa elintarvikkeiden välittämiä sairauksia. Kaikki elintarvikkeet on kypsennettävä oikeaan lämpötilaansa, jotta ne eivät aiheuta ruokamyrkytystä. Keitetyn ruoan jättäminen jääkaappiin yli kahden tunnin ajaksi on toinen ruokamyrkytyksen syy, joka voidaan helposti välttää. Ruokaturvallisuuden perussääntö on, että kuumat ruoat pysyvät kuumina ja kylmät ruoat kylminä.
Raa’an lihan asianmukainen valmistaminen ruoanlaittoon on erityisen tärkeää ruokamyrkytysten välttämiseksi. Raaka liha voi sisältää ruokamyrkytyksiä aiheuttavia bakteereja. Jos kypsentämätön liha leikataan leikkuulaudalla ennen kuin siellä valmistetaan myös muita ruokia, kuten vihanneksia, bakteerit voivat helposti saastuttaa vihannekset. Eri elintarvikkeille on käytettävä erillisiä leikkuulautoja ja veitsiä bakteerikontaminaation välttämiseksi.
Oikeat kypsennyslämpötilat voivat tappaa bakteereja ja viruksia, jotka voivat muuten aiheuttaa ruokamyrkytyksen. Esimerkiksi sianliha voi sisältää pyöreän madon Trichinella spiralis, joka aiheuttaa elintarvikkeiden aiheuttamaa tautia trikinoosia. Jos sianliha on kypsennetty kunnolla, mahdollisuudet sairastua trikinoosiin ovat hyvin harvinaisia.