Vajan perustukset ovat elintärkeitä kiinteän ja pitkäikäisen vajan rakentamisessa. Vajauksen perustukset eivät ainoastaan pidä katosta itsestään vaakatasossa ja vahvana, vaan myös estävät maaperän kosteuden pääsemästä varastoon ja aiheuttamasta vääntymistä, halkeilua, mätää tai muita vaurioita. Kolme yleisimpiä suojarakennuksia ovat betonilaatat, betonilautat ja puuperustukset. Jokaisella niistä on etuja ja haittoja, ja on tärkeää ottaa huomioon sekä maan tyyppi, jolle aitta rakennetaan, että myös mahdolliset toiminnot, jotka tapahtuvat katoksessa ennen oikean katon perustuksen valitsemista.
Betonilaatta on vahvin ja paras valinta suojarakennuksille, mutta se on myös kallein ja aikaa vievin rakentaminen. Betonilaatta kaadetaan betoniin, joka tasoitetaan ja kuivataan, jolloin saadaan tasainen, vahva pinta, jolle voidaan rakentaa suoja. Jos katosta käytetään työpajana, jossa käytetään sähkötyökaluja tai hitsaajia, betonilaatta on välttämätön vakauden lisäksi myös sen tulenkestävyyden kannalta. Vaja voidaan rakentaa suoraan betonilaatan päälle, ja laattaa voidaan käyttää itse aidan lattiana, mikä on hyvä valinta, jos käytetään kipinöitä aiheuttavia työkaluja. Puulattia voi olla tulenarkaa ja aiheuttaa palovaaran työkaluja käytettäessä.
Betonilautat ovat erilaisia suojarakenteita, jotka toimivat parhaiten, jos aita rakennetaan epätasaiselle tai kaltevalle pinnalle. Laiturit ovat pääasiassa betonia, joka on kaadettu pyöreisiin reikiin tai pyöreisiin muotteihin. Nämä laiturit voidaan rakentaa eri korkeuksille, eikä niiden tarvitse olla tasaisia koko rakenteen ympäri. Tämä mahdollistaa katon sijoittamisen kaltevalle pinnalle, koska laituri voidaan kaataa matalaan syvyyteen rinteen yläpäässä ja syvemmälle tai korkeammalle syvyyteen rinteen alaosassa.
Puuperustukset ovat pituudeltaan erikoiskäsiteltyä puuta, joka on kaivettu maan alle katoksen alle. Tällainen perusta soveltuu vain tasaiselle alustalle rakennettaville katoksille ja katoksille, joita käytetään vain kevyeen säilytykseen. Puupohja ei ole yhtä luja kuin betonilaatta tai betonilaituri, mutta se on helpoin asentaa ja soveltuu pienemmille katoksille, jotka eivät vaadi suurta, raskasta, tulenkestävää betoniperustetta.