Tyypillinen toksoplasmoosihoito on kuuden viikon kurssi malarialääkkeellä ja antibiooteilla, ja erilaiset hoidot sisältävät vain erilaisia lääkkeitä. Useimmat ihmiset, joilla on terve immuunijärjestelmä, eivät tiedä saavansa toksoplasmoosia, koska infektio ei aiheuta sairauden oireita. Jos henkilö sairastuu toksoplasmoosiin, hänelle kehittyy flunssan kaltaisia oireita. Raskaana olevilla naisilla on suurempi riski sairastua toksoplasmoosin oireisiin, ja heidät on testattava, jos epäillään infektiota. Synnynnäinen toksoplasmoosi voi aiheuttaa komplikaatioita syntymättömälle lapselle, joten odottava äiti aloitetaan yleensä antibioottikuurilla.
Mikä toksoplasmoosihoito määrätään, riippuu siitä, onko infektio akuutti vai piilevä. Molemmat tyypit edellyttävät malarialääkkeiden ja antibioottien käyttöä tuhoamaan patogeeni, joka on vastuussa infektion aiheuttamisesta. Akuutti toksoplasmoosi viittaa uuteen infektioon ja sitä hoidetaan yleensä pyrmetamiinin ja sulfadiatsiinin yhdistelmällä. Raskaana olevia naisia hoidetaan spirmysiini -nimisellä antibiootilla, ja tämän antibiootin käyttö auttaa estämään infektion pääsyn vauvaan kohdussa. Vauvan syntymän jälkeen voidaan suorittaa testejä sen selvittämiseksi, onko hänellä aktiivinen infektio, ja jos vauvan testi on positiivinen, kolmen viikon pyrmetamiinin ja sulfadiatsiinin sykli alkaa.
Malarialääkettä sisältävä pyrmetamiini voi nousta veressä myrkyllisille tasoille, kun sitä otetaan suuria määriä pitkiä aikoja, joten useimmille ihmisille määrätään foliinihappoa veren myrkyllisyyden kehittymisen estämiseksi. Pyrmetamiini voi myös estää foolihapon ja muiden B -vitamiinien imeytymisen, joten lääkärit määräävät saman foolihapon, joka otetaan myrkyllisyyden estämiseksi, jotta voidaan korvata foolihappopitoisuudet kehossa. Näitä lääkkeitä tarvitaan usein kaksi kierrosta, ja kahden viikon tauko lääkkeistä hoitovaiheiden välillä. Lääkehoito toksoplasmoosin hoitoon on lähes universaali kaikille potilaille ja yleensä se on tehokas infektion poistamisessa.
Toksoplasmoosihoito voi kestää jopa 12 viikkoa lääkitystä. Jos infektio on vastustuskykyinen tavallisille malarialääkkeille ja antibioottilääkkeille, siitä tulee piilevä infektio, ja jatkuva hoito on tarpeen. Näitä lääkkeitä määrätään toisinaan immuunipuutteisille potilaille toksoplasmoosihoidon ensimmäisenä rivinä. Atovakoni ja klindamysiini ovat kaksi antibioottia, joita käytetään tappamaan toksoplasmoosikystat, kun muut antibiootit epäonnistuvat. Lääkärit pystyvät hoitamaan toksoplasmoosia onnistuneesti suurimman osan ajasta ilman pysyviä seurauksia, mutta jotkut ennen syntymää saaneet vauvat voivat syntyä lievistä komplikaatioista, jotka johtuvat infektiosta.