On monia vaihtoehtoisia hoitoja, joita henkilö voi harkita autismille. Esimerkiksi autististen lasten vanhemmat kokeilevat usein ruokavalion muutoksia tähän tarkoitukseen, ja jotkut harkitsevat tapoja poistaa myrkkyjä kehosta hoitona. Lisäksi vaihtoehtoisia autismin hoitomuotoja voivat olla sellaiset, jotka sisältävät luovuutta, mukaan lukien kuvataide ja musiikki. Koska vaihtoehtoiset hoidot eivät aina toimi toivotulla tavalla, ihmiset voivat hyötyä puhumisesta lääkärin kanssa ennen niiden toteuttamista.
Autistisen vanhempi voi estää lasta syömästä allergiaoireita yleisesti aiheuttavia ruokia, kuten maitotuotteita ja vehnää, vaikka ei olisi näyttöä siitä, että lapsi olisi allerginen heille. Jotkut vanhemmat myös poistavat hiivan ja proteiinit nimeltä gluteeni ja kaseiini lastensa ruokavaliosta auttaakseen. Vitamiinilisät, kuten B-6- ja B-12-vitamiinit, sisältyvät usein myös vaihtoehtoisiin autismin hoitoihin. Yleensä vanhempia kehotetaan pyytämään ravitsemusterapeutin neuvoja ennen dramaattisia muutoksia lapsen ruokavalioon, koska vakava rajoitus voi johtaa ravitsemuksellisiin puutteisiin.
Jotkut uskovat, että autismin kehitys voi liittyä myrkyllisten metallien kertymiseen. Sellaisenaan jotkut vaihtoehtoiset autismin hoidot sisältävät yrityksiä vetää ne pois sairastuneen kehosta. Kaksi autismiin usein liittyvää metallia on elohopeaa ja lyijyä, ja vanhemmat voivat hakea lapsilleen kelaatiohoitoa saadakseen nämä ja muut epäilyttävät metallit pois. Kelaatioterapia sisältää kemikaalin ruiskuttamisen potilaan kehoon toivoen, että se kiinnittyy rikollisiin metalleihin ja auttaa poistamaan ne kehosta. Potilas voi saada injektioita useiden viikkojen ajan autismin hoidon toivossa, mutta hoito poistaa myös potilaan tarvitsemia mineraaleja ja voi aiheuttaa terveysongelmia.
Vaihtoehtoisia autismin hoitoja voivat olla myös taiteen ja luovuuden käyttöön perustuvat hoidot. Esimerkiksi taideterapian, jonka tarjoaa kokenut, lisensoitu terapeutti, sanotaan auttavan parantamaan autistisen henkilön viestintätaitoja ja kykyä käyttää mielikuvitustaan. Se voi myös auttaa häntä paremmin tulkitsemaan muiden ihmisten ilmeitä, mikä voi auttaa viestinnässä. Lisäksi taideterapia voi auttaa autistisia ihmisiä voittamaan vaikeudet koskettaa tiettyjä materiaaleja, myös märkiä.
Musiikkiterapia voi myös auttaa autistista yksilöä kehittämään kommunikaatiotaitoja ja jopa oppimaan ilmaisemaan itseään ei-sanallisilla tavoilla. Autisti voi hyötyä myös musiikkiterapiasta, joka sisältää pelejä, koska hänen osallistumisensa rohkaisee häntä olemaan vuorovaikutuksessa muiden kanssa. Lisäksi monet asiantuntijat väittävät, että musiikki voi auttaa aivojen ja sosiaalisessa kehityksessä ja auttaa ihmistä rakentamaan ja parantamaan elintärkeitä motorisia taitoja. Luovuusperustaiset vaihtoehtoiset hoitomenetelmät autismille voivat myös auttaa autistista ihmistä paremmin selviytymään äänistä ja ympäristön muutoksista, jotka muutoin voivat osoittautua häiritseviksi hänelle.