Vasektomian sivuvaikutukset ovat harvinaisia ja eivät aiheuta suurta uhkaa, ja menettelyä pidetään laajalti erittäin turvallisena ja luotettavana syntyvyyden hallintamenetelmänä. Kuten mikä tahansa kirurginen toimenpide, kipu on yksi todennäköisistä vasektomian sivuvaikutuksista, ja tulehdus ja infektio ovat myös mahdollisia. Muut mahdolliset vasektomian sivuvaikutukset, kuten libidon heikkeneminen tai erektiohäiriöt, ovat mahdollisia, mutta ne ovat harvinaisia ja hoidettavissa. Jotkut miehet kehittävät immuunireaktion omalle siittiöilleen, mikä voi vaikuttaa heidän terveyteensä. Vakavin vasektomian sivuvaikutus on kuitenkin sen pysyvyys; toisin kuin muut ehkäisymenetelmät, vasektomia on elinikäinen toimenpide eikä sitä voi helposti peruuttaa.
Leikkauksen jälkeinen kipu on todennäköisin sivuvaikutus. Viillon paikka on kipeä leikkausta seuraavina päivinä. Tämän kivun pitäisi laantua viikon kuluessa, ja käsikauppalääkkeet yleensä riittävät kivun hallintaan.
Infektio ja tulehdus ovat myös mahdollisia vasektomian sivuvaikutuksia. Odotettavissa on jonkin verran punoitusta ja turvotusta, mutta jos nämä oireet eivät häviä viikon kuluessa tai jos niihin liittyy kuumetta, lääkäri saattaa olla tarpeen. Mies voi myös kehittää granulooman, pienen ei -syöpäisen palan, joka syntyy siittiöiden vuotamisesta katkaistusta vas deferensista, mikä voi sytyttää tulehduksen ja saastuttaa alueen. Jos jotakin näistä vasektomian sivuvaikutuksista epäillään, on suositeltavaa neuvotella lääkärin kanssa.
Immuunireaktiot siittiösoluihin ovat mahdollisia vasektomian jälkeen, ja jotkut miehet tuottavat vasta -aineita, jotka kohdistavat siittiöitä. Tutkijat ovat ilmaisseet huolensa siitä, että kehon hyökkäys omia soluja vastaan voi johtaa muihin, mahdollisesti vakaviin tiloihin, kuten niveltulehdukseen, ateroskleroosiin, sydänsairauksiin, diabetekseen, multippeliskleroosiin ja syöpään. Tutkimusten tulokset ovat olleet epäselviä, eikä yhteyttä näiden ehtojen ja vasektomian välillä ole vahvistettu.
Jotkut miehet raportoivat seksuaalisen kiinnostuksen heikkenemisestä ja toiset erektiohäiriöstä vasektomian jälkeen. Vasektomia ei kuitenkaan vaikuta testosteronin tuotantotasoon, eikä se vaikuta herkkyyteen tai mihinkään fyysiseen toimintaan. Sukupuoliviettiin ja erektiohäiriöihin liittyvät vasektomian sivuvaikutukset ovat yleensä emotionaalisia, ja hoito voi olla tehokas näiden ongelmien korjaamisessa.
Vasektomia ei ole helposti palautuva, ja sen saavat tehdä vain miehet, jotka ovat varmoja siitä, etteivät he halua hankkia lisää lapsia. Joissakin tapauksissa on yritetty peruuttaa, mutta menettely ei ole luotettava. Jotkut ovat päättäneet säilyttää siemennesteen siittiöpankissa siltä varalta, että heidän sydämensä muuttuu, mutta tämä on kallis vaihtoehto.
Vaikka vasektomiat tarjoavat erittäin luotettavaa ehkäisyä, ne eivät tarjoa samaa suojaa kuin jotkut muut menetelmät. Vasektomiat eivät esimerkiksi tarjoa mitään suojaa sukupuolitaudeilta. Ihanteellinen vasektomiaehdokas on yksiavioinen mies, joka on kumppaninsa kanssa päättänyt olla hankkimatta lisää lapsia.