Vesiviljelyrehuja on useita erilaisia, mukaan lukien luonnolliset ja keinotekoiset. Luonnolliset rehut kuuluvat johonkin kolmesta luokasta: luonnolliset eläimet ja kasvit, roskakalat ja elävät ruoka -organismit. Vesiviljelijät kasvattavat kalan kanssa luonnollisia eläin- ja kasviperäisiä elintarvikkeita toisin kuin roskakalat, jotka eivät ole eläviä elintarvikkeita. Elävät ruoka-organismit ovat erikoistuneita elintarvikkeita, joita yleensä ruokitaan hyvin pienille kaloille tai vesiviljelytuotteille niiden toukkavaiheessa. Joissakin erikoissyöteissä on lisäaineita, kuten vitamiineja, lääkkeitä tai rokotteita.
Luonnollisilla eläimillä tai kaloilla ja kasveilla on useita etuja ja haittoja. Usein nämä ruoat ovat halvempia kuin jotkut muut vaihtoehdot. Kalat ja muut merenelävät voivat vapaasti ruokkia aina, kun ne ovat nälkäisiä, koska luonnontuotteet elävät yhdessä vesiviljelytuotteiden kanssa. Vesiviljelijällä on vähemmän valtaa näihin vesiviljelyrehuihin, eivätkä ne välttämättä täytä vesiviljelykasvin kaikkia ravitsemuksellisia vaatimuksia.
Karkeat tai roskakalat, jotka eivät ole kaupallisia kaloja, ovat kalliimpia kuin luonnolliset vesiviljelyrehut. Vesiviljelijän on otettava huomioon roskakalan jääkaapissa tai jäädytyksessä pitämisen kustannukset. Jotkut kalat tai äyriäiset eivät hyväksy keinotekoisia ruokia, ja siksi jotkut vesiviljelijät luottavat roskakalaan. Roskakalan käytön haittapuoli on, että nämä kalat lihottavat kaloja hitaasti. Pidempi aika kuoriutumisen ja sadonkorjuun välillä tarkoittaa pienempää voittoa.
Valmistajat tarjoavat keinotekoisia vesiviljelyrehuja kelluvissa tai uppoavissa pelleteissä, murusissa ja hiutaleissa sekä tahna- ja kosteassa muodossa. Tyypillisesti keinotekoiset rehut sisältävät suuren määrän kalajauhoa. Keinotekoinen ruoka lisää kasvua suhteellisen nopeasti. Yksi merkittävä haitta on se, että vesiviljelijän on mukautettava se elintarvikekasveihin käyttämällä lajeja, ikää ja muita tekijöitä ohjeina. Jotkut kalat tai äyriäiset eivät ehkä syö keinotekoisia rehuja.
Elävät ruoka -organismit eroavat luonnollisista vesiviljelyrehuista, koska ne ovat mikro -organismeja, kuten mikrolevät, mikroskooppiset eläimet, joita kutsutaan rotifereiksi ja muut. Tämäntyyppisestä elintarvikkeesta on hyötyä vasta kuoriutuneille kaloille ja joidenkin lajien toukkavaiheille. Lajeista riippuen elävät ruoka -organismit voivat olla kasveja tai vesieläimiä. Elävien ruoka -organismien käytöllä on monia haittoja. Tyypillisesti henkilö tarvitsee erityistaitoja ja tietoa organismien kasvattamiseen, ja prosessi on hyvin aikaa vievä, mikä lisää palkkakustannuksia.
Vesiviljelyn lisärehut ovat halvempia ja runsaampia kuin monet rehut. Ne eivät sovellu ainoaksi elintarvikelähteeksi, vaan täydentävät tavallista elintarviketta. Yleensä nämä syötteet sisältävät vain jyviä, kuten soijaa, vehnää ja riisiä. Lisärehun lisäkustannusten haitta kompensoi rehun tuottama lisääntynyt kasvu.
Vesiviljelijät antavat kalakasveilleen lääkerehuja torjumaan monia sairauksia ja muita stressiä aiheuttavia tekijöitä, jotka hyökkäävät satonsa terveyttä vastaan. Kalat ja muut vesiviljelykasvit ovat alttiita liikakansoituksen, huonon ravinnon ja muiden ongelmien aiheuttamalle stressille. Huono veden laatu, kuten alhainen happi ja korkea ammoniakki tai nitriitti, voivat vaikuttaa sadon terveyteen. Valmistajat laativat joitain lääkkeitä sisältäviä vesiviljelyrehuja näiden ongelmien ratkaisemiseksi. He suunnittelevat lääkerehuja erityisesti kullekin lajille, ja vesiviljelijöiden on otettava tämä huomioon ostaessaan tällaista rehua.