Vaikka juustokakku täytteet koostuvat tyypillisesti tuoreista hedelmistä, muita suosittuja valintoja ovat erilaisia karkkia tai paloja. Ne, jotka haluavat hienonnettuja pähkinöitä, voivat käyttää pekaanipähkinöitä, saksanpähkinöitä, cashewpähkinöitä tai maapähkinöitä juustokakkujen täytteisiin. Erikoisjuustokakkua valmistetaan joskus koristeellisella juustokakkukastikkeella, kuten karamellilla, joka on pyöritetty hienoiksi. Jotkut leipurit käyttävät mieluummin tuoretta kermavaahtoa ja sokeria juustokakun kuorrutukseen. Suklaakakku voidaan täyttää ajeltu suklaa, suklaakastike tai makean makuinen likööri.
Juustokakkujälkiruokaa valmistellessaan jotkut mieluummin täyttävät sen suklaakastetuilla mansikoilla kokonaisina tai viipaleina. Ne, jotka haluavat muita hedelmiä, voivat käyttää mustikoita, kirsikoita, vadelmia ja ananasta. Hedelmät voivat olla tuoreita tai jäädytettyjä, ja lisäksi hedelmämakuista kastiketta tai piirakatäytettä voidaan käyttää juustokakkujen täytteisiin. Jotkut gourmet -juustokakut sisältävät täytteitä, jotka on valmistettu eksoottisista hedelmistä, kuten kiivi, mango tai papaija. Juustokakku täytettä voidaan valmistaa myös karamellisoiduilla persikoilla, banaaneilla tai omenoilla.
Yksinkertaiset reseptit juustokakku täytteille voidaan myös tehdä käyttämällä purkitettua karamellijäätelöä. Karamellikastike voidaan sekoittaa kaneliin, omenakastikkeeseen ja hienonnettuihin pähkinöihin omena -kanelikatteeseen. Tämä kastike tiputetaan tyypillisesti jäähdytetyn juustokakun päälle.
Suklaan ystävät voivat mieluummin pitää suklaalastuja tai puolimakeita palasia juustokakun täytteenä. Monissa hyväpalkkaisissa ravintoloissa ja gourmet -leipomoissa on usein juustokakkua, jonka päällä on suklaalastuja. Lisäksi juustokakku voidaan koristaa kovilla suklaakarkkeilla, kuten suositulla M & M -lajikkeella. Makean vaihtelun vuoksi juustokakun päälle voidaan sulattaa suklaata tai suklaakastiketta. Ne, jotka haluavat vaihtoehtoa maidolle tai tummalle suklaalle, voivat käyttää valkoista suklaata juustokakun täytteisiin.
Ei ole harvinaista, että joistakin gourmetleipomoista löytyy juustokakkua suklaaliköörin kanssa. Nämä erikoisjuustokakut on valmistettu vaniljauutteesta, leivin suklaasta ja vodkasta sekä muista aromista valmistetulla täytteellä. Kaakaojauhe voidaan korvata suklaan leivonnalla.
Lomakauden aikana kurpitsan juustokakku on usein päällä kermavaahdolla. Kermavaahto on luultavasti yksi yksinkertaisimmista ja yksinkertaisimmista juustokakkujen täytteistä, joita voidaan käyttää kaikenlaisiin juustokakkuihin. Monipuolisuuden vuoksi kanelia voidaan sekoittaa kermavaahdon kanssa. Lisättyä makeutta jotkut haluavat tehdä kuorrutetta kermavaahdosta ja sokerista. Suklaamakuinen kermavaahto on toinen vaihtoehto juustokakun täytteille.